Николай Агафоников — сын диакона из Вятской губернии, с раннего детства пел с матерью на клиросе, с семи лет — читал часы и шестопсалмие, нес послушание пономаря. В 1887 году, 11 лет, Николай Агафоников поступил в Вятское духовное училище и показал отличное знание церковно-славянского языка.
В 1898 году Николай был зачислен воспитанником Вятской духовной семинарии и одновременно стал псаломщиком Никольского собора города Слободской Вятской губернии. 23 лет женился и в том же 1899 г. епископ Вятский Алексий (Опоцкий) рукоположил его во священника. Первый приход отца Николая находился в селе Загорье Вятской губернии, он прослужил на нем 17 лет. Нередко помогал прихожанам в приобретении предметов первой необходимости и лекарств, лечил их.
Революционная смута застала семью отца Николая в Вятке. Ревностные строители новой жизни считали, что денежные пожертвования и другие церковные доходы от совершения богослужений и треб составляют огромные накопления и священники их где-то прячут. Под видом помощи голодающим у отца Николая провели обыск — бесплодно: какие богатства могла скрывать семья приходского священника из 10 человек, где трудился только одни о. Николай?
В феврале 1923 г. отец Николай был арестован в Вятке по подозрению в контрреволюционной деятельности и препровожден в Москву на Лубянку, просидел пять месяцев и был отпущен за недоказанностью обвинения. Служения не оставил.
В 1927 году перебрался поближе к взрослым детям, в Подольский район Московской области. Служил сначала в селе Ворсино, с 1930 года — настоятелем Покровского храма села Ерино и благочинным Подольского округа.
В октябре — ноябре 1937 года по инициативе Подольского районного отделения УНКВД по Московской области начались массовые аресты антисоветского и контрреволюционного элемента в Подольске и Подольском районе. Показания против отца Николая дали люди, пользовавшиеся его гостеприимством и вниманием.
— С кем Вы имеете общение из служителей культа в Подольском районе?
— Как благочинный, имею общение по службе со всеми священниками по Подольскому району, близких же отношений я ни с кем не имел.
В предъявленном обвинении протоиерей Николай виновным себя не признал.
3 ноября 1937 г. заседанием «тройки» при управлении НКВД СССР по Московской области отцу Николаю Агафоникову по обвинению в контрреволюционной деятельности назначена высшая мера наказания — расстрел.
5 ноября 1937 г. приговор привели в исполнение на полигоне Бутово.
