Николай Понгильский — сын священнослужителя села Каряева Угличского уезда Ярославской губернии. В 1907 году 28-летний Николай Понгильский окончил Ярославскую духовную семинарию и был рукоположен в сан священника. В 1910 году назначен благочинным города Рыбинска.
С 1916 по 1918 г. служил полковым священником в Русской армии.
7 сентября 1929 года был арестован в Рыбинске. При аресте была изъята его переписка с епископом Рыбинским Вениамином (Воскресенским) — отец Николай поддерживал владыку в ссылке, посылая ему деньги. Проходил по групповому «делу духовенства Ивановской Промышленной области, 1930 г.».
3 января 1930 года Особым совещанием при Коллегии ОГПУ СССР отец Николай был приговорен к пяти годам заключения. Срок отбывал в Сибирских лагерях.
После освобождения в 1934 году получил место служения в селе Большое Титовское, в Рождественской церкви на окраине села. Ничего не имел, жил на квартире у прихожанки храма, одинокой пожилой женщины. В той же квартире временно были поселены две комсомолки-колхозницы, присланные на строительство дороги Ярославль — Рыбинск. В беседе с ними отец Николай имел неосторожность что-то сказать в шутку, а также упомянул фамилию Троцкого. На следующий день его вызвали в сельсовет, где священник был предупрежден о недопустимости подобных разговоров. Может быть, этим бы всё и обошлось, но уполномоченный сельсовета сделал доклад в Тутаевский районный отдел НКВД.
28 октября 1940 года священник вновь был арестован по обвинению в «восхвалении старого царского строя и контрреволюционеров, клевете на руководителей ВКП(б) и советского правительства, агитации против мероприятий советской власти». Признав неудачность и неуместность своей шутки и упоминания имени Троцкого, священник отверг обвинения в контрреволюционной деятельности.
11 января 1941 года Ярославским областным судом был приговорен к десяти годам заключения. 16 января 1941 года он написал жалобу, в которой указал на суровость приговора, ставшего следствием только одного разговора, «носившего семейный шуточный характер». Жалоба была оставлена без ответа.
Скончался 6 августа 1942 года в исправительно-трудовой колонии № 3 г. Ярославля, в возрасте 62 лет. По мнению лагерных врачей, от старческого маразма, хотя за полтора года до того, когда он был судим, при избрании меры наказания за несовершенные им преступления, никто не сомневался в его здравом уме.
