Николай Попов — сын донского историка, основателя и первого директора Новочеркасского музея донского казачества Харитона Попова. В Новочеркасске Николай окончил шесть классов гимназии и поступил в Харьковское земледельческое училище.
По прошествии нескольких лет Николай Попов поступил на пятый курс Донской семинарии, которую окончил в 1893 году, ему было 29 лет. Был рукоположен во диакона архиепископом Донским и Новочеркасским Макарием (Миролюбовым) и определен к Успенской церкви станицы Аксайской, а также назначен законоучителем Аксайской церковноприходской школы.
В ноябре 1894 года был рукоположен во священника архиепископом Донским и Новочеркасским Донатом (Бабинским-Соколовым) и определен на приход в хутор Колодезный Мигулинской станицы Верхне-Донского округа.
Отец Николай часто проповедовал, организовывал воскресные беседы. В скором времени начал строить учительскую школу с общежитием, которая предназначалась не только для обучения детей, но и для подготовки будущий преподавателей. В школе могли обучаться также и дети из неимущих семей. Отец Николай заботился о быте воспитанников, на собственные деньги заказывал учебники, тетради, учебные пособия. Все средства от благотворителей жертвовал на школу и библиотеку. Одним из жертвователей на Колодезную учительскую школу был и святой праведный Иоанн Кронштадтский, который откликнулся на обращение к нему отца Николая. При школе была устроена ферма и подсобное хозяйство. Отец Николай на практике применял знания, полученные им в Земледельческом училище.
С 1 августа 1901 года по март 1919 года отец Николай служил в Иоанно-Богословском храме хутора Верхне-Гнутова Цимлянского благочиния Есауловской станицы 2-го Донского округа Области Войска Донского. Уже через несколько лет его заботами был отремонтирован и украшен живописью храм, вызолочены купола, организован церковный хор. Попечением отца Николая была построена на хуторе новая школа, в которой он ежедневно сам вел занятия с детьми и в воскресные дни — со взрослыми.
К зиме 1918-1919 года линия фронта вплотную приблизилась к Верхне-Гнутову, потянулись беженцы, не хватало продуктов и медикаментов. Разразилась эпидемия тифа. Батюшка самоотверженно исполнял свой долг — ездил по станице, исповедовал, причащал больных и умирающих. Однажды только за один день он напутствовал Святыми Тайнами 27 человек, но к вечеру слег, заразившись тифом.
Только через два месяца смог отец Николай подняться с постели. Не дождавшись полного выздоровления, он начал совершать богослужения в своем доме. Первый раз в конце марта отец Николай вышел из дома, чтобы в храме напутствовать прихожан Святыми Тайнами. К вечеру того же дня он вернулся усталый, но отдохнуть ему не пришлось. Хуторской ревком постановил произвести у отца Николая обыск и арестовать его вместе с двумя известными местными жителями. Во время обыска в доме отца Николая комиссар увидел на стене фотографию его брата — походного атамана Петра Попова. Этого было достаточно, чтобы вынести батюшке смертный приговор. Отца Николая отправили на станцию Морозовскую, где находился в то время окружной ревтрибунал.
В прощальном письме отец Николай писал своим родным, чтобы те «простили все своим врагам, простили и его мученическую смерть».
26 марта 1919 года о. 55-летний Николай Попов с двумя другими священниками и еще 10 женщин были жестоко зарублены на станции Морозовская, палачи раздели священнослужителей.
Только спустя три месяца, после освобождения округа от «красных», родственники смогли отыскать и опознать тело отца Николая. Он был погребен за алтарной частью гнутовского храма.
