Николай Сафонов происходил из саратовских мещан. К 17 годам он окончил четыре класса Саратовской духовной семинарии, когда произошла безбожная революция, и духовные образовательные учреждения были закрыты. С 1918 по 1924 годы Николай был учителем, а затем певчим на клиросе.
8 ноября 1926 года Николай Сафонов был рукоположен в священника к Преображенскому храму в селе Спас-Купли Подольского уезда. В 1927 году отец Николай был переведен в Троицкую церковь Аристова погоста Богородского уезда и в том же году назначен настоятелем Покровского храма в Голиках на улице Малой Ордынке в Москве. В 1929 году безбожные власти закрыли Покровский храм, и весь клир был священноначалием переведен в Благовещенский храм на улице Большой Ордынке или, как его сейчас называют, святителя Николая в Пыжах. В 1930 году отец Николай был награжден наперсным крестом.
21 ноября 1932 года священник был арестован. На допросе отец Николай сказал: «Никогда и ни у кого не собирались на квартирах и не обсуждали никаких политических вопросов. Я лично среди верующих не распространял никаких провокационных слухов о голоде, распаде колхозов. Также никому не говорил, что в Москве закроют большевики все церкви, и скоро придет конец советской власти. В предъявленном мне обвинении виновным себя не признаю».
10 января 1933 года Особое Совещание при Коллегии ОГПУ приговорило отца Николая к трем годам заключения, и он был отправлен в Свирские лагеря. Отец Николай был освобожден досрочно в 1934 году и назначен сначала в храм святителя Николая в Пыжах, а затем, в том же году, в храм Ризоположения. Однако, как бывшему в заключении, ему было запрещено проживание в Москве, и он был направлен в город Каширу настоятелем храма Всех святых и возведен в сан протоиерея. В 1937 году Кашира попала в режимную зону, в которой было запрещено проживание всех осужденных по политическим статьям, и в феврале 1937 года протоиерей Николай был назначен настоятелем храма святых и праведных Иоакима и Анны в городе Можайске.
Протоиерей Николай был арестован 5 декабря 1937 года. 7 декабря следователь допросил отца Николая.
— Какую контрреволюционную деятельность вы вели среди населения?
— Я никакой антисоветской агитацией среди населения не занимался и виновным себя не признаю. Мы разговаривали в алтаре по поводу хождения по приходу… Но ввиду уборочной кампании мы, чтобы не вызвать на себя нареканий граждан, по приходу не пошли, хотя и был престольный праздник.
9 декабря тройка НКВД приговорила отца Николая к расстрелу. Протоиерей Николай Сафонов был расстрелян 15 декабря 1937 года и погребен в общей безвестной могиле на полигоне Бутово.
