Николай Щербаков — сын священника из села Лабазы Бузулукского уезда Самарской губернии. Окончил Самарскую духовную семинарию. Женился. Был рукоположен в сан священника.
В 1932 г. 56-летний о. Николай был арестован ОГПУ по подозрению в спекуляции, через восемь дней отпущен. На момент ареста служил настоятелем храма в г. Чапаевске Куйбышевской области.
29 марта 1935 года был арестован и заключен в Сызранскую тюрьму, проходил по групповому делу «Дело священников Щербакова Н. П., Конакова П. П. и др. Среди предъявленных обвинений: «руководство контрреволюционной группой, к/р пропаганда за свержение соввласти, разговоры о необходимости убийства Сталина».
7 июня 1935 года Особым Совещанием при НКВД СССР был приговорен к пяти годам ссылки в Казахстан. Ссылку отбывал в г. Семипалатинске, работал счетоводом в фармшколе.
23 ноября 1937 года был арестован в Семипалатинске по обвинению в «контрреволюционной деятельности». На допросе на требование следователя — признаться в проведении а/с агитации — дал ответ: «Нет, этого я не признаю. Проживая в Семипалатинске как ссыльный, никакой а/с агитации я никогда не вел. Другого показать ничего не имею».
Из обвинительного заключения: «Щербаков, проживая в г. Семипалатинске как ссыльный, занимался к/р деятельностью. Клеветал на руководителей партии, правительства и советской власти, распространял провокационные слухи о конституции СССР, восхвалял буржуазный строй. Выражал явное недовольство о политике цен на промтовары, контрреволюционно истолковывая их. Распространял к/р сочувствие по отношению к кулачеству»
25 ноября 1937 года тройкой при УНКВД по Восточно-Казахстанской области был приговорен к расстрелу.
Расстрелян 28 ноября 1937 г. в два часа ночи.