В 1895 году 20-летний Николай Скворцов, сын священника, окончил Московскую духовную семинарию и был рукоположен во священника ко храму святых Космы и Дамиана в селе Космодамианском Московского уезда.
В декабре 1917 года о. Николай был переведен в храм в честь святых апостолов Петра и Павла, что в Лефортове в Москве, где, несмотря на гонения на Церковь, ревностно продолжал служить. Когда было запрещено преподавание Закона Божия в школах, отец Николай организовал преподавание в храме, привлек нескольких преподавателей, а из детей — всех желающих. Уроки шли два раза в неделю, по воскресеньям и четвергам. Учащихся собиралось более десяти групп, и все группы были разделены по возрастам. Ровно в четыре часа дня все учащиеся собирались во дворе около храма, затем приходил о. Николай и благословлял пришедших; все шли в храм, и молодежь, около ста человек, под руководством о. Николая пели «Царю Небесный», затем дети по группам расходились по разным местам храма. Учились стоя, так как не было ни стульев, ни лавок. У каждой группы была своя преподавательница, все занятия длились чуть более часа; для самых маленьких, которые еще не умели читать и писать, они велись сначала на основе иллюстративного материала из книг русского педагога Константина Ушинского, а затем — храмовых икон, где дети должны были узнать и рассказать об участниках Священной истории. Урок заканчивался общим пением «Достойно есть», а затем о. Николай всех благословлял, и дети расходились.
Весной 1922 года одно из занятий было неожиданно отменено, в этот день в Петропавловский храм приехала комиссия по изъятию церковных ценностей. Грузовик в сопровождении вооруженных людей въехал на церковный двор, все прихожане были вытеснены за ворота, и ворота были заперты. Был закрыт и храм, в котором оставили только священника. Началось разграбление святынь. С икон снимались серебряные ризы, забирались церковные сосуды, из всех металлических сосудов был оставлен только один. В грузовике сидел солдат, который принимал церковные вещи, а у ворот храма был выставлен часовой, который никого не пропускал на церковный двор. Когда безбожники уехали и люди смогли войти внутрь, то вид разграбленного храма, икон, лишенных почти всех окладов, произвел такое скорбное впечатление, что многие, упав на колени, заплакали.
В том же 1922 году безбожные власти арестовали о. Николая, обвинив его в незаконном преподавании религии. Священник пробыл в тюрьме неделю и был освобожден, но преподавание Закона Божия к великому сожалению детей и их родителей было прекращено.
О. Николая несколько раз пытались отстранить от настоятельства, но прихожане, зная его бескорыстное и самоотверженное служение, выступали в его защиту, и он оставался.
В 1925 году на священника донесли в ОГПУ, будто он во время погребения покончившей самоубийством учительницы сказал, что она покончила жизнь самоубийством из-за гонений на нее советской власти. 28 апреля 1925 года о. Николай был арестован, тут выяснилось, что ничего подобного священник не говорил, он был освобожден и вернулся служить в Петропавловский храм.
В начале 1937 года власти провели перепись населения, один из ее вопросов был о вероисповедании. К проведению переписи были привлечены студенты, кое-кто из них были прихожанами Петропавловского храма, и некоторым из них много пришлось наплакаться, так их нещадно ругало начальство за то, что люди записываются православными. В действительности, в то время многие сами требовали, чтобы их записали православными, и даже заглядывали в опросный лист, так ли там записано. Если кто малодушествовал и спрашивал отца Николая, как быть, он твердо всегда отвечал: «Пиши так, как есть на самом деле».
В 1937 году к супруге о. Николая подошел сотрудник НКВД, поставленный наблюдать за церковью, по фамилии Трушин и сказал, чтобы она уговорила мужа не ходить по улице в рясе, а переодеваться в «партикулярное платье». Она передала отцу Николаю разговор с сотрудником НКВД, и он, подумав, сказал: «Знаешь, мамочка, если я буду ходить в рясе, то меня арестуют и строго накажут, а если буду ходить в “партикулярном платье”, то тоже накажут и одинаково строго. Так что пусть уж остается ряса».
В апреле 1937 года священника перевели служить в Знаменскую церковь в Перово, но он прослужил здесь недолго — 29 августа 1937 года он был арестован.
— Следствие располагает точными данными о том, что при исполнении треб на Немецком кладбище вы ведете антисоветскую агитацию среди верующих. Вы это подтверждаете?
— Я это отрицаю, антисоветской агитации я среди верующих не вел.
— Следствие располагает точными данными о том, что вы на квартире своих почитателей тайно преподаете Закон Божий детям школьного возраста. Вы это подтверждаете?
— Я это не подтверждаю. Закон Божий я никому не преподавал.
— Кому вы оказывали материальную помощь?
— Денежную помощь я оказывал сестре и стоящим на паперти старым людям.
На допросы стали вызываться свидетели, был вызван староста Петропавловского храма, от которого следователь потребовал, чтобы он охарактеризовал протоиерея Николая с политической стороны, но староста был немногословен: «С политической стороны я его охарактеризовать не могу, так как я с ним встречался редко, разговаривать с ним не приходилось».
Был вызван на допрос прихожанин Петропавловского храма, он показал, что отец Николай «пользовался у верующих большим авторитетом, организовывал вокруг общины детей, общину держал в руках и, когда был переведен в другой приход в Перово, то верующие нашего прихода устроили ему проводы и плакали».
Также был допрошен священник храма Петра и Павла Дмитрий Цветков, которого довольно часто вызывали в НКВД в качестве дежурного свидетеля давать показания против своих собратьев. Он показал: «Скворцов нелегально среди детей преподавал Закон Божий. Однажды ко мне обратились две девочки с вопросом, что сегодня читалось в церкви. На мой вопрос, зачем им это надо знать, они ответили, что их будет спрашивать батюшка Николай. Считаю, что Скворцов распространял среди населения, и особенно несовершеннолетних, нелегальную церковную литературу. Я лично сам видел у одной из девочек... книгу, выпущенную священником Петровым, а такой книгой мог снабдить только Скворцов».
К концу сентября следствие было закончено. 26 сентября 1937 года тройка НКВД приговорила отца Николая к расстрелу. Протоиерей Николай Скворцов был расстрелян на следующий день, 27 сентября 1937 года, и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово.
