В 1907 году Николай окончил духовное училище и в 1910 году, 21 года от роду, поступил псаломщиком в Знаменский храм в селе Лисинцево Верейского уезда Московской губернии. Тогда же он женился на девице Марии, дочери священника; у них родилось шестеро детей. В 1920 году Николай был рукоположен во диакона к этому храму. В 1925 году – переведен служить в Преображенскую церковь в селе Большие Вяземы Звенигородского уезда Московской губернии.
В 1929 году диакон Николай был обвинен в порубке леса и приговорен судом к двум годам ссылки, но приговор был заменен на штраф в триста рублей. В 1930 году – арестован за невыполнение государственных древозаготовок и приговорен к шести месяцам принудительных работ.
В феврале 1938 года следователи допросили дежурных свидетелей, они подписались под лжесвидетельствами, и 21 марта 1938 года диакон Николай был арестован. Допросы длились полтора месяца.
— Вы обвиняетесь в клевете на советскую власть, которую вы высказывали в феврале 1938 года.
— Виновным себя в высказывании клеветы в отношении советской власти... я не признаю.
— Вы обвиняетесь в контрреволюционных высказываниях в отношении советской власти в декабре 1937 года.
— Виновным себя в контрреволюционных высказываниях в отношении советской власти я не признаю.
В тот же день диакону Николаю была устроена очная ставка со лжесвидетелями. Один из них показал, будто диакон говорил, что «советская власть всех попов арестовала, но скоро будет конец советской власти; скоро из Италии придет папа римский, он установит свою власть и всех коммунистов в ад загонит».
Диакон Николай на это ответил:
— Я никаких антисоветских разговоров не вел, он лжет.
Лжесвидетельница Панова на очной ставке показала, будто она в феврале 1938 года была в церкви и просила у диакона разрешения взять золу на удобрение для колхоза, на что тот ей ответил: «Что власти помогаешь? Хотите выполнить восемь миллиардов пудов хлеба? В 1938 году это вам не удастся, скоро советской власти не будет, скоро придет папа римский, он покажет, как крестьян мучить. Хотя вы и взяли попов, но скоро царь будет, и коммунистов скоро вешать будем за этих попов».
Диакон Николай решительно отверг эти обвинения и сказал:
— В феврале 1938 года с Пановой я не встречался в церкви и ничего ей не говорил. И в церкви Панова никогда не была.
2 июня тройка НКВД приговорила диакона к расстрелу. Диакон Николай Запольский был расстрелян 27 июня 1938 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово.
В 1939 году все работники Звенигородского управления НКВД были арестованы и решением Военного трибунала войск НКВД приговорены к разным срокам лишения свободы за фальсификацию следственных дел. Дело диакона Николая Запольского было приобщено как вещественное доказательство фальсификации. На основании решения Военного трибунала были пересмотрены постановления тройки НКВД. Однако дело диакона, «учитывая социальное лицо осужденного», то есть то, что он был служителем Христовым, пересмотрено не было.
