Нил Смирнов — сын учителя из села Пересыпкино Кирсановского уезда Тамбовской губернии. Окончив Кирсановское городское училище, с 1897 по 1921 год работал на железной дороге в должностях: конторщика товарной конторы, помощника товарного кассира, помощника билетного кассира, билетного кассира, телеграфиста, заведующего хозяйственной частью Юбилейного поселка рабочих и служащих Московско-Казанской железной дороги.
В 1921 году подал прошение о рукоположении и принятии его в клир города Москвы. 8 октября 1921 года 40-летний Нил Смирнов был рукоположен во диакона к церкви Воскресения Христова в Сокольниках. Через две недели, 22 октября 1921 года, был рукоположен во священника к храму святых бессребреников Кира и Иоанна при Сербском подворье в Москве. В ноябре 1921 года патриарх Тихон (Беллавин) утвердил его в должности штатного священника Воскресенской церкви в Сокольниках.
В августе 1923 года переведен в храм Успения Божией Матери при погосте Картин Можайского уезда. В ноябре 1925 года вновь назначен в церковь Воскресения Христова в Сокольниках. В 1930 году он стал исполнять обязанности настоятеля, а через год был утвержден в этой должности. В 1931 году был возведен в сан протоиерея.
Из доноса на о. Нила (1932 г.): «Всегда говорит зажигательные проповеди... Пользуется среди верующих темных масс рабочих и бывших людей, торговцев большим авторитетом... И не раз верующие его предупреждали, что он слишком открыто выступает против Советской власти... »
17 февраля 1933 года был арестован по обвинению в «антисоветской агитации» и заключен в Бутырскую тюрьму.
23 февраля, давая показания следователю, отец Нил сказал: «Я принял сан священника в то время, когда борьба с неверием приняла ожесточенные формы, когда начался усиленный отход верующих от Церкви, и я, видя такой отлив народа от православия, решил ей посвятить свою жизнь и стать церковным деятелем... В своих проповедях, произносимых в церкви, я старался призывать верующих к соблюдению нравственных правил, все эти проповеди призывали к борьбе с неверием и безбожием... В предъявленном обвинении виновным себя не признаю».
22 марта 1933 года Особым совещанием при Коллегии ОГПУ приговорен к высылке в Северный край сроком на три года. Наказание он отбывал в городе Каргополе, работал на разгрузке леса с плотов, складывал его в штабеля, а также на пилке дров.
По возвращении из ссылки в 1936 году был назначен служить в Богоявленскую церковь села Буйгород Волоколамского района Московской области.
В мае 1937 года отец Нил по приглашению священника Бориса Недумова стал служить в Иоанно-Предтеченском храме села Ивановское Лотошинского района.
Прокурор Лотошинского района уже в апреле 1937 года направил начальнику местного районного отделения НКВД два письма, в которых излагал контрреволюционные действия священников и предписывал произвести расследование. В одном из них говорится, что «священник (кто именно, не называется) Афанасиевской церкви учеников вызывает к себе и заставляет их читать молитвы, за это он некоторым дает деньги. Так это было с десятилетним учеником... которому священник дал 50 копеек за то, что он рассказал ему молитву». В другом письме излагались конкретные факты контрреволюционной деятельности священников Бориса Недумова и Нила Смирнова, «которые, находясь в селе всего полтора месяца, приняли ряд мер к оживлению религиозной пропаганды. Оба священника имеют фисгармонию, баян и скрипку, при помощи которых они собирают вечеринки, на которых, помимо музыкальных номеров, ставили вопрос о поднятии духа религии. Организовали хор, в котором подобраны враждебные люди. Причем, по утверждению некоторых лиц, имеют своей задачей обслужить и колхозников, если они будут согласны на это. Ведут агитацию, содержание которой сводится к тому, что церковь 1 мая работать не будет и что они вместе со всеми колхозниками хотят выйти на демонстрацию. Производят сбор средств и, по разговорам, сбор выражается по 50 копеек и 1 рублю. Всего собрано, по условным данным, до 1000 рублей».
В марте, устраивая дочь Екатерину в школу в селе Буйгород, отец Нил разговаривал с директором школы, указав ему в беседе, что его дочь верующая, ходит в церковь и носит крестик, поэтому всякая проводимая в школе антирелигиозная работа ее касаться не должна, а также не нужно заставлять ее вступать в пионерский отряд. После ареста в 1937 году отца Нила директор школы был привлечен в качестве свидетеля и, вспоминая об этом разговоре, показал следователю: «Ношение открыто креста его дочерью имеет влияние на остальных учеников, в данном случае немало учеников стало посещать церковь. Кроме того, в апреле у... подруги дочери священника Смирнова было найдено в классе Евангелие».
В августе 1937 года отец Нил ездил в епархиальное управление с просьбой о назначении его в село Нижнее Васильевское Лотошинского района, но, еще до принятия решения, был 20 августа арестован и заключен в Таганскую тюрьму в Москве.
— Следствие располагает материалами, что вы состоите членом контрреволюционной группы и активно вели контрреволюционную работу. Предлагается вам дать правдивые и откровенные показания по этому вопросу.
— Это я не признаю и отрицаю.
— Вы даете ложные показания. Следствие имеет факт, что 26 июля 1937 года в проповеди верующим вы заявили: «На духовенство наложили большие налоги, я прошу прихожан помочь духовенству деньгами». Этот факт признаете?
— Да, признаю.
— Во время пасхальной службы 1937 года вы обратились к верующим и заявили, что по новому закону теперь Церковь государственной не является и советское правительство не имеет права к ней прикасаться. Признаете это?
— Да, это действительно было, и я так говорил.
— В мае месяце 1937 года вы распускали нелепый слух о том, что скоро будет жить лучше, так как вождь партии решил объявить себя президентом?
— Нет, этого я не говорил и этот факт отрицаю.
— Состоя членом контрреволюционной организации, вы вели агитацию о том, что полет на Северный полюс — дело темных сил и что тут Божией помощи нет, что все это приведет к гибели?
— Нет, этого я не признаю.
— Проживая на территории Лотошинского района, вы проводили контрреволюционную агитацию среди населения. Признаете вы это?
— Я в своей работе никаких контрреволюционных действий не вижу. Действительно, я очень часто выступаю среди верующих с амвона с проповедями... По вопросу привлечения молодежи в церковь я говорил, как приятно видеть в церкви много детей. И я им обещал помощь Божию, и если вы ее будете принимать, то у вас жизнь будет цветущая. По вопросу антирелигиозной работы среди молодежи в школе я директору школы заявлял, чтобы они не насиловали людей антирелигиозной работой.
22 сентября протоиерей Нил Смирнов был в последний раз допрошен в Таганской тюрьме.
— Вы арестованы за антисоветскую деятельность. Признаете себя в этом виновным?
— Нет, не признаю.
На этом допросы были закончены.
9 октября 1937 года тройкой НКВД был приговорён к десяти годам заключения в лагере. Был отправлен в Бамлаг Амурской области.
Скончался 2 октября 1938 года в лагере, на станции Известковая (ныне — посёлок Известковый Облученского района Еврейской автономной области), и был погребён в безвестной могиле.
