Павел Ягодинский — сын псаломщика церкви в селе Сайгуши Ардатовского уезда Симбирской губернии (ныне Республика Мордовия, Чамзинский район). Окончил духовную семинарию, в 1900 году, будучи 21 года, женился и был рукоположен во диакона ко храму села Шугурово Ардатовского уезда Симбирской губернии. Через некоторое время он был рукоположен во священника.
Согласно воспоминаниям, отец Павел был человеком трудолюбивым, добрым, предельно честным. Он не стремился скрывать свои мысли по поводу происходящего в послереволюционные годы и говорил о том, что его тревожило. Именно поэтому его имя попало в списки участников «контрреволюционного кулацкого восстания», вспыхнувшего в уезде в 1919 году.
В 1929 году он был арестован с обвинением в «неуплате государственных налогов» и приговорен к 8 месяцам исправительно-трудовых работ.
После выхода на свободу он опять стал служить в церкви села Шугурово. Отец Павел старательно исполнял свой священнический долг: крестил новорожденных, венчал, отпевал. Многих он побуждал к активной деятельности, многих воодушевлял теплым одобрением, слабых — поддерживал, обиженных защищал.
В 1930 году церковь села Шугурово была закрыта, а отец Павел арестован.
После освобождения в 1933 году, он стал служить в церкви села Бузаево Большеберезниковского района Мордовской АССР. Жена у священника к этому времени умерла, и он жил поочередно у сыновей. Каждый из них уже определил свой путь и устроился в новой жизни.
Однажды у отца Павла состоялся разговор с председателем сельсовета, который советовал священнику «оставить свое ремесло, отказаться от сана и поступить куда-нибудь на определенную работу». Но батюшка на это ответил: «Нет, я не отказывался и не думал отказываться от сана священника. Делать это мне не позволяют мои религиозные убеждения, умру в сане священника».
5 августа 1937 года священник был вновь арестован, у него в доме был произведен обыск, но ничего обнаружено не было. Было сформулировано обвинение: «Принимал активное участие в организации контрреволюционного кулацкого восстания и призывал население к терактам над коммунистами». Виновным себя он не признал. На допросе арестованный священник подтвердил, что не намерен снимать с себя сан, и заявил, что «хотя я и убежденный верующий, но антисоветской агитации нигде не проводил». В период следствия содержался под стражей в КПЗ Большеберезниковском РО НКВД. Затем был переведен в Саранскую тюрьму.
13 августа 1937 года Тройка при НКВД Мордовской АССР приговорила иерея Павла Ягодинского к высшей мере наказания.
Расстрелян 3 сентября 1937 года.
