Петр Дьяконов — сын псаломщика из села Полозовского Сарапульского уезда Вятской губернии. В 1879 году, в 13 лет поступил в Пермскую духовную семинарию, проучился в ней три года и затем стал певчим пермского архиерейского хора. Благодаря его незаурядным музыкальным способностям вся его дальнейшая жизнь была так или иначе связана с церковным пением. «Читает и поет вельми хорошо, поведения очень хорошего», — значится в одном из его послужных списков.
В 17 лет Петр Дьяконов был посвящен в стихарь, а еще через три года определен псаломщиком к Пермскому Спасо-Преображенскому кафедральному собору. В июне 1887 года переехал в Екатеринбург и поступил псаломщиком в храм в честь Вознесения Господня. Женился. 1 октября 1887 года был рукоположен в сан диакона епископом Екатеринбургским и Ирбитским Нафанаилом (Леандровым). В 1891 году переведен в Екатерининский собор.
15 мая 1891 года был рукоположен в сан священника с оставлением на прежней диаконской вакансии. Вскоре к его обязанностям добавилось еще преподавание пения в Екатерининской церковноприходской школе. В то время в ней обучалось около 30 мальчиков, а впоследствии, после расширения школьного помещения, число учеников возросло до 60. Как преподаватель пения отец Петр, видимо, выделялся своими способностями и усердием. Так, в мае 1902 года, когда по постановлению Святейшего синода во всех церковноприходских школах Екатеринбурга торжественно праздновался день памяти святых Кирилла и Мефодия, именно священник Петр Дьяконов был регентом хора церковноприходских школ, певшего на торжественных богослужениях в Екатерининском соборе (10 мая на Всенощном бдении и 11 мая на Божественной литургии, совершенной многочисленным собором духовенства).
Руководил отец Петр также и церковным хором.
В 1898 году в Екатеринбурге были организованы Епархиальные педагогические курсы, торжественное открытие которых состоялось 16 июня в зале Епархиального женского училища. Отец Петр был назначен на курсах учителем пения. А в октябре того же года он стал заведующим женской школой во имя праведного Симеона Верхотурского, открытой в Екатерининском приходе. В то же время здесь начала свою работу и общая школа во имя пророка Божия Илии.
В феврале 1902 года назначен на служение в Николаевскую церковь Верх-Нейвинского завода Екатеринбургского уезда, но уже через две недели он вновь был причислен сверх штата к Екатерининскому собору с откомандированием для служения в приписанной к нему кладбищенской церкви в честь всех святых.
16 ноября 1902 года переведен к церкви во имя святого Иоанна Богослова в поселке Верхне-Салдинский Завод Верхотурского уезда. В сентябре 1909 года был назначен настоятелем этого храма. Незадолго до революции он стал также членом Нижне-Салдинского миссионерского комитета Верхотурского уезда.
Приблизительно через месяц после октябрьского переворота 1917 в Верхне-Салдинском Заводе был создан Совет рабочих, крестьянских и солдатских депутатов; в январе 1918 года — национализирован металлургический завод. Весной того же года в заводском поселке началось ускоренное формирование красногвардейских отрядов, их обучение проводилось на центральной площади. Впоследствии часть их влилась в прославившийся своими зверствами 1-й Крестьянский коммунистический полк, переименованный в декабре 1918 года в полк Красных орлов.
В мае 1918 года произошло выступление против советской власти Чехословацкого корпуса, после чего гражданская война охватила практически весь Урал. Чехословаки двинулись в двух направлениях: на Омск и на Екатеринбург. 25 июля они вступили в столицу Урала. В сентябре начались бои за Нижний Тагил, положение красных становилось все хуже.
Хотя боев в Верхне- и Нижне-Салдинских Заводах не было, обстановку в этих поселках можно было назвать военной: через них, в особенности через Нижне-Салдинский Завод, непрестанно проходили воинские части. В сентябре отступал через этот поселок 1-й Крестьянский коммунистический полк. Вот как описывал это время бывший боец полка, а впоследствии маршал Советского Союза Филипп Голиков: «Несколько суток стоим в Нижней Салде. Белые ведут себя тихо. Нижняя Салда — большой заводской поселок. На главной улице есть даже деревянный тротуар. Полк пополняется. Прибыли две роты китайских добровольцев, а на станции Ясашная влился в наш полк добровольческий отряд тов[арища] Павлова. Сил у нас теперь больше, и настроение лучше. Вчера состоялась полковая партийная конференция. Говорили о задачах полка и выбрали руководство партколлектива».
Именно в эти «несколько суток» на станции Нижняя Салда, тогда тупиковой, красными были совершены жестокие расправы над мирным населением. При спешном отступлении 1-го Крестьянского коммунистического полка под натиском белых, по воспоминаниям старожилов, его бойцами было расстреляно множество людей, которые сочувствовали белогвардейским войскам, в том числе священнослужителей, взятых в заложники из различных мест губернии.
В это же время, без суда и следствия, лишенные христианского напутствия, вместе встретили свою смерть от рук красноармейцев и священники Верхне-Салдинского завода Петр Дьяконов и Алексий Кузнецов. Они были убиты 1 октября 1918 года на самой окраине Нижне-Салдинского завода, близ железнодорожной станции. Только через несколько дней, 9 октября страдальцы были отпеты в Иоанно-Богословском храме поселка Верхне-Салдинский завод и преданы христианскому погребению. Отец Петр, пятеро расстрелянных крестьян, а также начальник Верхне-Салдинской железнодорожной станции Б. И. Лытковский были похоронены на приходском кладбище, а отец Алексий — в церковной ограде.
Всего же с 1 по 9 октября 1918 года, только согласно данным метрической книги, красными было расстреляно около 30 жителей Верхне-Салдинской волости, младшему из которых — Михаилу Пантелееву — исполнилось лишь 14 лет.
Когда последний красноармейский отряд покинул район, многие жители поселка хлебом-солью встречали отряды Белой армии, духовенство вышло из церкви с иконами. В Иоанно-Богословском храме был отслужен благодарственный молебен. Началось расследование злодеяний красноармейцев. По воспоминаниям современников, на месте убийства сотен людей близ железнодорожной станции Нижняя Салда открывалось ужасающее зрелище: смешанная с кровью земля, отрубленные головы... После проведения расследования на месте этого массового захоронения был установлен поклонный деревянный крест.
