Прокопий Попов — сын священника. Окончил Никольское духовное училище, а в 1884 году — Вологодскую духовную семинарию, ему тогда было 20 лет. По окончании семинарии был назначен надзирателем Вологодского духовного училища.
15 января 1886 года рукоположен в сан священника к Троицкой церкви с. Шолга (ныне Подосиновского района Кировской области). Нес множество церковно-общественных послушаний. Он двукратно был законоучителем женского училища, двукратно — депутатом по училищным делам, сначала помощником, а потом и благочинным Никольского уезда Вологодской епархии, законоучителем Александринского училища и попечителем Княщинского земского училища. Труды отца Прокопия по устроению церковной и общественной жизни своего благочиния высоко ценило епархиальное начальство. 6 августа 1917 года был возведен в сан протоиерея.
Еще задолго до революции 1917 года, показывая церковному попечителю деньги, сказал: «Вот, Василий Васильевич, придет скоро время, когда эти деньги, николаевские, на стены будут лепить, и никому они не будут нужны». Для благочестивого попечителя это прозвучало как призыв к революции. Разгневавшись, он едва удержался, чтобы не отчитать резко священника, но впоследствии слова эти подтвердились.
27 апреля 1918 года на третьем крестьянском съезде на протоиерея Прокопия Попова была наложена контрибуция как на представителя эксплуатирующего класса в размере 7 тысяч рублей, которую требовали взыскать немедленно.
13 октября 1918 года организованный большевиками карательный отряд явился в Шолгу и арестовал отца Прокопия по подозрению в контреволюции. Посреди поля была вырыта яма. Уверенные в своей силе и безнаказанности, они решили расстреливать днем, не препятствуя народу присутствовать. Отец Прокопий встал перед могилой, помолился, попрощался с прихожанами, земно поклонился им и сказал: «Простите меня, грешного». Прихожане заплакали. Священник снял рясу, подал ее сыновьям, которые все это время стояли рядом, и остался в подряснике. Затем повернулся лицом к востоку, снова помолился и сказал: «Я готов». Раздался выстрел. Отец Прокопий упал. Вторым выстрелом он был убит.
Поначалу священник был погребен здесь же, на поле, но сыновья стали просить разрешения перенести его тело на кладбище. Власти отказывали, но родственники не прекращали хлопот, и наконец им дано было разрешение похоронить священномученика на кладбище села Косково. По сведениям сайта Вятской епархии, предполагаемое место погребения отца Прокопия — берег р. Юг на окраине с Шолга Подосиновского района Кировской области.
