Сергей Заварин — сын священника села Вознесенского Любимского уезда Ярославской губернии. По окончании Ярославской духовной семинарии рукоположен во священника и служил в селе Копорье Мологского уезда, а затем был назначен на приход своего отца в село Вознесенское. В семье его было пятеро детей, старший Борис — мученик, память 25 января.
За безупречную службу о. Сергий возведен в сан протоиерея.
В 1927 году в связи с публичным отречением от сана священника, служившего в храме в селе Троица-Закулжье Любимского района Ярославской области, 42-летний о. Сергий назначен служить вместо отрекшегося по малодушию иерея.
Власти сразу же стали оказывать на него давление, чтобы принудить его уехать: в 1927 году суд присудил его к выплате штрафа в размере 30 рублей, обвинив в потраве овса; в 1930 году — к штрафу в размере 500 рублей за непоставку молока государству; в 1931 году власти предложили уплатить культсбор на сумму 735 рублей, но священник отказался платить за неимением денег — в тот же день представители властей произвели в его доме опись имущества. Священник вынужден был пойти по домам прихожан просить о помощи и в результате собрал и уплатил 400 рублей.
В 1932 году сотрудники ОГПУ писали о священнике, что он:
«по своему приходу распускает слухи, что в колхозы идти не надо: как только будут колхозы, так закроют церкви; при организации в селе колхоза поп служил большую обедню и на вопрос, почему у него так много сегодня народа, ответил: "может быть, уж служу в последний раз"».
Один из осведомителей доносил 3 марта 1932 года в ОГПУ:
«Заварин по вопросу коллективизации и взаимоотношения советской власти и колхозников с Церковью говорил: «Коллективизация Церкви не касается: оллективизация сама по себе, а Церковь сама по себе; отпадение отдельных членов от Церкви есть и будет, возможно, даже храмы будут закрыты, но Церковь, как общество верующих, не должна прекратить своего существования согласно слов Христа: "Созижду Церковь Мою, и врата адовы не одолеют ее". Вера есть внутреннее духовное настроение человека и дело совести его; можно быть верующим и в колхозе и атеистом вне его, а для существования Церкви, как общества верующих, достаточно два-три человека, ибо сказано: "где двое или трое собрались во имя Мое, тут и Аз среди них"».
Во второй половине тридцатых годов священника все чаще стали вызывать в районное управление НКВД в город Любим и все настойчивее предлагать снять сан священника и оставить служение в церкви, — в противном случае ему придется впоследствии горько пожалеть о своем несогласии. Протоиерей Сергий неизменно на это отвечал, что он никогда не согласится оставить церковное служение.
В 1937 году председатель Бормановского сельсовета отправил в НКВД донесение:
«Довожу до вашего сведения, — писал он, — что в нашем Бормановском сельсовете работает... группа церковников, возглавляемая попом Завариным... Товарищ начальник НКВД, мне чего-то подозрительно, что поп Заварин часто получает из Буя посылки под видом свечей, я считаю, нет ли чего в этих свечах; а так же вся эта братия занимается агитацией против колхозного строительства, а поэтому я прошу вас на это дело обратить серьезное внимание и посмотреть на попа Заварина и его ближайшего друга дьякона, который в 1937 году распускал свою семью по селениям по́ миру с агитацией, что советская власть им хлеба не дает».
28 октября этот же председатель сельсовета, но уже в качестве свидетеля, дал показания об отце Сергии:
«Весной 1937 года, — заявил он, — в период весеннего сева, в религиозный праздник Заварин... в деревне Мельцево среди колхозников говорил: "Православные миряне, лен не сейте — эта культура требует больших затрат по времени, а пользы никакой... Займете землю, хлеб сеять негде; придет осень, кроме льна, есть будет нечего, а лен отдадите за гроши: вы же покупаете последние сорта ситца — метр за большие рубли"».
30 октября 1937 года отец Сергий был арестован во время богослужения. Войдя в храм и подойдя к священнику, сотрудники НКВД еще раз предложили ему отречься от веры и снять сан священника, но он на это ответил: «Я с верой родился и с верой умру». Арестованного священника привели в дом, где он жил и где в это время шел обыск, а затем вместе с двумя его также арестованными сыновьями отправили в ярославскую тюрьму. Жену священника с двумя младшими детьми выгнали из дома, не разрешив им ничего взять из вещей, и их на некоторое время приютил дальний родственник, живший в соседней деревне.
— Следствию известно, что весной 1937 года в религиозный праздник вы, будучи с Поповым в деревне Мельцево, вели антисоветскую агитацию против посева льна, высказывая одновременно всевозможные клеветнические измышления по адресу колхозного строительства и советской власти. Вы это подтверждаете? — спросил отца Сергия следователь.
— Действительно, в деревне Мельцево я, Заварин, и диакон Попов были, но не весной, а летом, примерно в июле 1937 года, но никакой антисоветской агитации не вели, — ответил священник.
— Свидетельские показания вас уличают, что вы вместе с дьяконом Поповым, будучи в сентябре сего года в деревне Теняево, среди населения высказывали всевозможные пасквили по адресу колхозного строительства. Вы это подтверждаете?
— Были мы или нет в деревне Теняево, этого я не припоминаю, поэтому и свои высказывания против колхозного строительства я также не припоминаю, но мне думается, что против колхозов я ничего не говорил; то же самое могу сказать и про диакона Попова.
Следствие было закончено за один день. Священника обвинили в «создании контрреволюционной церковной группировки, проведении нелегальных сборищ, клеветнических измышлений по адресу советской власти, распространении клеветы о голоде в колхозах и призывах не вступать в них».
5 ноября 1937 года тройкой НКВД приговорен к десяти годам заключения в исправительно-трудовой лагерь.
Скончался в заключении 14 апреля 1938 года, будучи 53 лет, при неизвестных обстоятельствах; по другим данным — от сердечного приступа. Погребен в безвестной могиле.
