Семен Афонькин родился 13 февраля 1870 года в селе Оброчено (ныне село Оброчное в Ичалковском районе Мордовии) Кроснослободского уезда Пензенской губернии. Стал священником в Каскелене в Казахстане. Находясь в каноническом общении с архиепископом Алма-Атинским Тихоном (Шараповым), но будучи практически на нелегальном положении, вынужден был служить не в церкви, а в молитвенном доме.
24 ноября 1937 года был арестован. Отцу Симеону было предъявлено обвинение в том, что: «среди населения г. Каскелена распространял антисоветскую пропаганду, при этом внушал религиозные убеждения. В отношении новой Конституции говорил, что она издана не для всего народа, а для известной категории людей, при этом в адрес советского правительства высказывал клеветнические толки, сводящиеся к тому, что христиан закрепостили, что загнали их в колхозы, где издеваются над народом». В предъявленных обвинениях себя виновным не признал. Тройкой при УНКВД по Алма-Атинской обасти приговорён к высшей мере наказания.
8 декабря 1937 года священник Симеон Афонькин был расстрелян.