Семен Шлеев — из крестьян-старообрядцев села Явлей Алатырского уезда Симбирской губернии. В 1876 году, когда Семену было три года, вся семья воссоединилась с Российской православной церковью, а отец его стал священником в Троицкой единоверческой церкви. В 1887 году Семен Шлеев окончил три класса Алатырского духовного училища, в 1889 году — Лысковское духовное училище. В 1895 году окончил Нижегородскую духовную семинарию, после чего поступил вольнослушателем в Казанскую духовную академию, которую окончил в 1899 году со степенью кандидата богословия.
17 января 1900 года был рукоположен во священника к единоверческой Четырех-Евангелистовской церквигорода Казани. 7 февраля 1905 года назначен священником Никольского единоверческого собора Санкт-Петербурга, а 22 ноября 1907 года стал его настоятелем. Служил и директором реального училища при том же соборе.
На Поместном соборе Российской церкви в феврале 1918 года его доклад стал решающим в деле учреждения единоверческого епископата. В мае протоиерей Симеон был пострижен в рясофор, а 16 июня того же года был хиротонисан во епископа по единоверческому чинопоследованию патриархом святителем Тихоном в Троицком соборе Александро-Невской Лавры и назначен на новоучреждённую единоверческую кафедру епископом Охтинским, с подчинением митрополиту Петроградскому.
С 1920 года — единоверческий епископ Уфимский, а в феврале 1921 года был назначен правящим епископом на ту же кафедру.
Убит 18 августа 1921 года в Уфе при возвращении в свою резиденцию из кафедрального собора.