Степан Луканин — сын пономаря. После окончания Пермской духовной семинарии женился и в 1864 году, 19-летним, был рукоположен в сан диакона. В 1869 году рукоположен во иерея и был направлен на служение в село Волковское Камышловского уезда.
В 1888 году переведен в Свято-Николаевскую церковь села Куровского того же уезда. Одновременно с совершением священнического служения он был назначен следователем по 4-му округу Камышловского уезда, что свидетельствовало о доверии и уважении к нему духовного начальства. В 1896 году по собственному прошению был перемещен к Александро-Невской церкви Сосьвинского завода Верхотурского уезда.
В то время, когда отец Стефан служил в Сосьвинском заводе, там произошел большой пожар, деревянное здание церкви сгорело и службы пришлось совершать в перестроенном под церковь бараке. С 1898 года перемещен к Богородичной церкви села Кабанского Шадринского уезда.
В 1901 году переведен к Покровской церкви Колчеданской Покровской женской общины, расположенной на левом берегу реки Исети, приблизительно в шестидесяти девяти километрах от Камышлова. Кроме священнического служения, отец Стефан занимался преподавательской деятельностью.
В 1907 году отец Стефан последовательно служил в Свято-Троицкой церкви села Топорищевского Шадринского уезда и в приписной Иоанно-Златоустовской церкви деревни Водолазовой.
10 сентября 1907 года псаломщик Иоанно-Златоустовской церкви Василий Коровин подал архиепископу Екатеринбургскому и Ирбитскому Владимиру (Соколовскому-Автономову) жалобу на отца Стефана. Он обвинял священника в небрежном отношении к Святым Дарам и вообще к совершению Божественной литургии, а также в присвоении денег, пожертвованных в местный Комитет по постройке храма. Следствие продолжалось почти целый год. После опроса свидетелей и тщательного рассмотрения дела в Духовной консистории все эти обвинения признали ложными, отец Стефан был полностью оправдан. Кроме того, в указе Духовной консистории от 23 сентября 1908 года говорилось о неблагоповедении и нетрезвости самого Василия Коровина: в то время на него в консистории было заведено следственное дело. Вместе с тем в указе содержалась и высокая оценка отца Стефана: поведением он был аттестован отлично-хорошим, судим и штрафован не был. Несмотря на столь благополучный исход дела, для отца Стефана это расследование было связано с тяжелыми переживаниями: как сам он говорил на следствии, донос этот явился для него полной неожиданностью, и он долго не мог прийти в себя.
Из Иоанно-Златоустовской церкви отец Стефан был переведен священником к Александро-Невскому храму Нижнего Тагила, а в 1915 году он служил уже в Сретенской церкви села Колчеданского Камышловского уезда. Приход храма был значительным, более семи тысяч человек, отчего по штату в Сретенской церкви было положено два священника, диакон и два псаломщика.
К лету 1918 года в связи с разгоревшейся гражданской войной, как и по всей стране, на Урале начался период красного террора. В особенности свирепствовали члены недавно созданных красногвардейских отрядов, состоявших преимущественно из крестьянской бедноты и заводских рабочих, отличавшихся большой разнузданностью.
23 июля 1918 года красноармейцы арестовали священнослужителей Сретенского храма: священника Стефана Луканина и диаконов Георгия Бегму и Нестора Гудзовского, причем у отца Стефана перед арестом под видом обыска разграбили квартиру. Псаломщика этой церкви красные отправили на окопные работы.
Арестованных повезли по направлению к станции Синарская, близ которой они и приняли мученическую смерть от рук бойцов 1-го Крестьянского коммунистического полка. Перед гибелью они претерпели страшные мучения: так, 74-летнему отцу Стефану красноармейцы нанесли множество штыковых ран, волосы его были частью выдерганы, частью опалены, левая рука отесана острым оружием. Вместе со священнослужителями красные замучили неизвестную женщину: у нее была отрезана грудь. После всех этих зверств мучеников убили.
Уже на следующий день, 24 июля, станцию Синарская заняли белые группа войск Народной армии под командованием подполковника Д. Н. Панкова. Вскоре тела мучеников были найдены в лесу недалеко от этой станции, и 30 июля 1918 года священники из села Водолазовского отпели невинных страдальцев. Мучеников похоронили у церкви в селе Колчеданском.
