Василий Агафоников — сын псаломщика села Медяны Вятского уезда Вятской губернии. По окончании Вятской Духовной семинарии Василий женился и был рукоположен во священника ко храму в селе Мелянда Уржумского уезда, а через год переведен к Введенской церкви в село Немы Нолинского уезда и тогда же утвержден заведующим и законоучителем Власовской школы Вятского братства святителя и чудотворца Николая, а также законоучителем Немской земской школы. Летом 1910 года 25-летний о. Василий был переведен в родное село Медяны, где его служил его престарелый отец, в марте этого же года рукоположенный в сан священника. В январе 1913 года о. Василий был перемещен к Покровской церкви в село Ситьма Нолинского уезда, а в марте 1920 года назначен служить в Благовещенскую церковь в село Бобино Вятского уезда. Через село Бобино проходил путь крестного хода из Вятки на реку Великую, место явления чудотворной иконы святителя Николая. В 1929 году храм в селе был властями закрыт, но, благодаря хлопотам отца Василия и прихожан, в феврале 1930 года власти дали разрешение на совершение в храме богослужений. В 1929 году отец Василий был возведен в сан протоиерея.
4 ноября 1930 года сотрудники ОГПУ произвели обыск в доме священника. При обыске присутствовал председатель Бобинского сельсовета, который дал священнику такую характеристику: «Избирательных прав лишен как служитель культа. В Красной армии никто не служит. Имущества кроме носильной одежды и мелкого инвентаря не имеет. Семья состоит из шести человек, из коих трудоспособны два человека». 6 ноября 1930 года отец Василий и пять его прихожан были арестованы и заключены в тюрьму в городе Вятке. В тот же день следователь допросил священника. Отец Василий сказал: «Никаких собраний у нас не было, кроме как в марте 1930 года по разрешению Вятского РИКа; на нем стоял вопрос об избрании церковного старосты. В 1929 году на церковь была наложена страховка, которую церковь самостоятельно не в силах была уплатить, а поэтому я обратился к прихожанам, с тем чтобы последние в этом содействовали. Во время богослужения они собирали, ходя с кружкой, и таким образом было выплачено все полностью. Проповеди читал чисто евангельские, не касаясь как власти, так и колхозов и коммун и не задевая никаких мероприятий, проводимых советской властью. На квартире у меня кроме Сапожникова никто не бывает; Сапожников как член церковного совета захаживает исключительно по церковным делам. Виновным себя в предъявленном мне обвинении не признаю. Добавляю, что во время открытия церкви в проповеди говорил: „Слава Богу! Храм наш снова открыт, но он нуждается в ремонте; необходимо за него уплатить страховую премию“. Поэтому, обращаясь к прихожанам, я просил о пожертвовании».
29 декабря 1930 года тройка ОГПУ приговорила отца Василия к пяти годам заключения в концлагерь. Впоследствии, когда священник во время служения в Московской епархии заполнял послужной список, он написал: «С 1 марта 1931 года по 22 марта — в Усольском концлагере; с 22 марта — в Забайкалье; с 25 сентября по 1 октября — Владивостокская бухта; с 9 октября — бухта Нагаево на Охотском море; с 15 июля 1932 года по 24 июля 1934 года — сельхозуправление на побережье Охотского моря; с 17 ноября 1934 года — исполнял обязанности священника в селе Сущево Горьковского края Спасского района; с 26 февраля 1935 года — в селе Понюково Московской области Шаховского района». Вернувшись из заключения, отец Василий стал служить в Николаевском храме в селе Губино Можайского района Московской области.
30 ноября 1937 года власти арестовали отца Василия. В тот же день председатель сельсовета составил для НКВД справку на священника, в которой писал, что священник «проводит контрреволюционную агитацию среди колхозников, каковой подрывает мощь колхоза, и проводит агитацию за срыв перевыборов в Верховный Совет». Лжесвидетели показали, что священник «со дня прибытия в село Губино ведет контрреволюционную деятельность, выбирает удобное время дня, когда мужчины уходят на работу и дома остаются одни старухи, идет по домам обрабатывать старушек продолжать веровать в православную церковь, посещать ее всегда во все религиозные праздники, не работать в частности. Благодаря его агитации церковь стало посещать много колхозников, даже многие колхозники, которые раньше не ходили в церковь, а работали в колхозе, теперь стали посещать церковь и отказываются работать в религиозные праздники. Агафоников во время обхода колхозников по домам села Губино призывал колхозников 12 декабря, в день выборов, приходить в православную церковь».
1 декабря 1937 года следователь допросил священника.
— С какого времени вы служите священником?
— Священником я служу с 1906 года, все время в сельских церквях.
— В чем конкретно заключалась ваша контрреволюционная деятельность в 1930 году?
— В 1930 году мне было предъявлено обвинение в том, что я в церкви произносил проповеди контрреволюционного содержания. Фактически я таких проповедей не произносил, все было наговорено на меня на почве личной неприязни.
— Какую контрреволюционную деятельность вы вели в селе Губино Можайского района?
— Никакой.
— Какие связи вы имели со священником юрловской церкви Лавровым?
— Никаких связей я со священником юрловской церкви не имел, посещать его я не посещал.
— С кем и какие связи вы имели среди духовенства города Можайска?
— Никаких связей с духовенством города Можайска я не имел. Никого из них не знаю.
В тот же день следствие было закончено. 3 декабря 1937 года тройка НКВД приговорила отца Василия к расстрелу. Протоиерей Василий Агафоников был расстрелян 9 декабря 1937 года и погребен в безвестной общей могиле на полигоне Бутово.
