Зосима Трубачев — сын диакона села Пучуга на Северной Двине Сольвычегодского уезда Вологодской губернии (ныне Архангельская область). У Зосимы было ещё три брата. Все они получили образование в духовном училище Никольска, но только Зосима продолжил обучение в Вологодской духовной семинарии, а по окончании её, в 1914 году, когда ему был 21 год, — направлен в Московскую духовную академию.
От природы у Зосимы был прекрасный слух и голос. Ещё в семинарии овладел навыками управления хором и замещал регента. Годы обучения в Московской духовной академии (1914-1918 годы) он провел через старческое руководство духовников Троице-Сергиевой Лавры и Смоленской Зосимовой пустыни, его любимыми преподавателями были архимандрит Иларион (Троицкий) и священник Павел (Флоренский). Он также глубоко почитал праведного отца Иоанна Кронштадтского, особенно близкого ему по родному северному краю.
В студенческие годы Зосима был одним из лучших регентов в Академии, управлял вторым академическим хором. За год до окончания Академии в 1917 году Зосима женился, венчание совершил отец Павел Флоренский.
Под руководством отца Павла студент Зосима Трубачёв написал в 1918 году кандидатское сочинение на тему: «Космический элемент в богослужении по богослужебным книгам». Участие отца Павла в судьбе отца Зосимы имело и дальнейшее продолжение: в послевоенные годы семьи их породнились, а внук отца Павла и отца Зосимы, игумен Андроник (Трубачев) стал продолжателем священства обоих родов.
В апреле 1918 года Зосима Трубачев был рукоположен во священника святейшим патриархом Тихоном в Троицком соборе Троице-Сергиевой Лавры. В первые годы священства отец Зосима служил в селе Подосиновец Великоустюжской епархии, что в 50 верстах от станции Пинега, настоятелем Богородице-Рождественского храма. Он посещал больных в отдалённых селениях прихода, устраивал воскресные беседы с народом, обличал сектантов.
Батюшка взял на воспитание 13-летнюю сироту Наташу Груздеву, дочку утонувшего помора, которая впоследствии всюду следовала за его семьей. Поселился он в большом церковном доме вместе с матерью, женой и братьями; женщины сами вели хозяйство и пекли просфоры. В Подосиновце родились дети: Сергей, Анастасия и Алексей. Зимой 1921 года батюшка заболел сыпным тифом и находился между жизнью и смертью. В Крещенский сочельник пришёл священник из храма, окропил больного святой водой и батюшку, как умирающего, отвезли в больницу. Тогда отец Зосима выжил, но пережитое оставило глубокий след в его душе.
В 1922 году, в связи с кампанией по изъятию церковных ценностей, батюшку впервые арестовали и отправили в Великий Устюг, откуда он через месяц вернулся и продолжил служение.
В годы начавшихся расколов, оторванный от Москвы, батюшка, не зная истинного положения церковных дел, обращался за советом к отцу Павлу Флоренскому. Его письма исполнены ревности идти до конца за истиной: «Как быть, где правда, за кем идти и вести вверенное мне Богом малое стадо, чтобы не погубить их и самому не заблудиться?»
В сентябре 1924 года отца Зосиму перевели в Ивановскую епархию, некоторое время он служил в Кохме — рабочем предместье Иванова, где снова, на короткое время, был арестован.
В 1926 году отец Зосима совершил паломничество в Саров на празднование обретения мощей преподобного Серафима. Он взял с собой семилетнего сына Сергея. Побывали они и в Дивеево у блаженной Марии Ивановны. Она ласково простилась с путниками. Неизвестный юродивый предсказал нечто отцу Зосиме о нём и об открытии недостроенного собора. Паломничество это укрепило отца Зосиму на вскоре предстоящее ему тяжёлое церковное послушание.
В 1926 году батюшка был назначен настоятелем Введенского (так называемого «красного» храма) в самом Иванове, где он совершал поистине подвижническое служение в сане протоиерея до осени 1928 года. Отцу Зосиме в условиях тяжелейшего противостояния обновленцам приходилось отстаивать и защищать вверенный ему храм, который требовал больших работ по внутреннему убранству: усилиями батюшки был установлен красивый деревянный резной иконостас, восстановлена деревянная колокольня и установлен ежедневный уставный звон. Батюшка настойчиво преодолевал всякую небрежность в отправлении чинопоследований, отстаивал обиходные традиции церковного пения, несовместимые с концертностью, проводил беседы на религиозные темы, привлекая к ним и других священников. В 1928 году он бесстрашно провёл последний в советское время в Иванове Пасхальный крестный ход. С трудом верным прихожанам удалось с помощью охраны ивановских рабочих избежать боя с дюжими хулиганами, поджидавшими их на улице.
В 1928 году, вскоре после ареста правящего архиерея, владыки Августина, Введенская церковь была закрыта, а батюшка арестован. Его и других священнослужителей обвинили в «контрреволюционной деятельности», которую усмотрели в том, что ими собирались подписи и посылались в Москву петиции с просьбой вернуть из ссылки на епископство Владыку Августина. Отец Зосима, «как один из наиболее рьяных тихоновцев» (так говорилось в доносе), был выслан на три года в Вологодскую губернию.
Ссылку батюшка отбывал в городе Вельск (120 верст от железной дороги). Служить ему не разрешали. В 1929 году ссылку ужесточили, отправили в лагерь на лесоразработки в район станции Коноша-Няндома Северной железной дороги. Слабое здоровье отца Зосимы не выдержало тяжелых условий работы, и его перевели на перевозку лесоматериалов к станции Коноша.
В 1932 году батюшке разрешили переезд в Юрьев Польский, но без права церковного служения. Там он работал в совхозе, а в свободные дни руководил клиросным пением в храме во имя святых безсеребреников Косьмы и Дамиана. Сын же его Сергей прислуживал в алтаре и пел в хоре. В Юрьеве-Польском батюшка много читал творения Святителей Тихона Задонского, Игнатия (Брянчанинова), Феофана Затворника (Вышенского). Там же батюшка встретился с высланным настоятелем Уссурийского Свято-Троицкого монастыря архимандритом Сергием (Озеровым), благодатным старцем, заочным наставником разбросанных по стране насельников дальневосточной обители. Беседы с этим старцем, его неторопливые повествования о любимой обители на Уссури, куда перенес он с Валаама строгий устав монастырской жизни, вместе с его благословением имели для отца Зосимы особый духовный смысл. Это подготовило его к будущим испытаниям и воспитало в нем непрестанную внутреннюю молитву.
За годы ссылки батюшка стал сдержаннее в проявлении своих чувств. По воспоминаниям его сына, диакона Сергия, ставшего церковным композитором, в отце преобладало светлое восприятие жизни, он был общителен, легко сближался с людьми и люди к нему тянулись. Он очень любил детей, устраивал на Рождество в своём доме елку и приглашал всех знакомых детишек. Сам любя музыку, батюшка стремился и детям привить любовь к ней, играл и пел с ними «Песни для детей» П. И. Чайковского на слова А. Н. Плещеева.
Летом 1934 года закончился срок ссылки, ограниченный проживанием без права выезда и служения, и отец Зосима поспешил навестить мать — она жила в Архангельске. Затем он приехал в Москву для устройства своего церковного служения. В том же году вернулся — из второй уже ссылки в лагерь на реку Свирь — преосвященный Августин, которого митрополит Сергий Страгородский назначил на Калужскую кафедру. В Москве произошла встреча отца Зосимы с любимым архипастырем, и владыка предложил ему служение в Малоярославце. Отец Зосима с радостью согласился на предложение. Он служил в Малоярославце настоятелем Казанского собора и благочинным до последнего, четвёртого ареста.
Отец Зосима был арестован 26 января 1938 года. После допроса, состоявшегося 29 января, отец Зосима был обвинён в «контрреволюционной деятельности»: в церкви, где он служил, проводились сборы в пользу детей недавно арестованного владыки Августина (он был из вдовых священников). В обвинительном заключении по словам свидетелей приводились такие высказывания отца Зосимы: «Коммунисты путём ареста хотят запугать народ. Мы должны умереть, но защитить веру Христову от антихристов-коммунистов... Вокруг советской власти сдвигаются тучи грозные — Япония завоевала весь Китай и готовится воевать против Советского Союза. Германия в союзе с Польшей и Италией тоже приготовилась для войны с советской властью — и когда они пойдут против советской власти, наш долг помочь им уничтожить варваров-коммунистов...» По всем этим обвинениям батюшка себя виновным не признал. Постановлением судебной тройки при Управлении НКВД СССР по Московской области, отец Зосима 19 февраля 1938 года был приговорён к расстрелу на основании обвинения в «контрреволюционной агитации».
26 февраля 1938 года отец Зосима был расстрелян и погребён в общем могильнике Бутовского полигона.