Сергей Сахаров — сын надворного советника, родом из села Парёвка Кирсановского уезда Тамбовской губернии. В 1889 году, в двухлетнем возрасте, остался без отца. С малых лет полюбил богослужение, в особенности архиерейское. Ещё в детстве говорил о себе, что будет архиереем. Детские и юношеские годы прошли во Владимире, который для него стал родным городом. В августе 1896 года поступил в Шуйское духовное училище. Во втором классе переэкзаменовка. В третьем классе сидел два года. С августа 1899 года начал прислуживать в алтаре.
В 1902 году поступил во Владимирскую духовную семинарию, которую окончил в 1908 году. Почти все время прислуживал при архиерейском богослужении рипидоносцем и иподиаконом у архиепископа Николая (Налимова). 6 мая 1907 года тем же архиереем посвящён в чтеца. В 1908 году поступил в Московскую духовную академию, которую окончил в 1912 году по II разряду со степенью кандидата богословия. С 6 октября 1912 года — преподаватель Полтавской духовной семинарии по пастырским предметам. 12 октября 1912 года пострижен в монашество ректором академии епископом Феодором (Поздеевским).
14 октября того же года рукоположен во иеродиакона а 17 октября в сан иеромонаха. 28 августа 1913 года назначен смотрителем Клеванского духовного училища Волынской епархии. С 13 сентября того же года — преподаватель Владимирской духовной семинарии по пастырским предметам.
В мае 1917 года был членом Владимирского епархиального съезда от Владимирской епархии Александро-Невского братства. На этом съезде был избран от монашествующих членов Всероссийского съезда духовенства и мирян в Москве и членов Владимирского епархиального совета.
На монашеском съезде, бывшем в Троицкой лавре, избран кандидатом в члены Всероссийского священного собора. 20 января 1918 года вступил в состав Поместного собора на место сложившего свои полномочия архимандрита Варлаама, настоятеля Белогородского монастыря Пермской епархии. На Соборе работал в Отделах о богослужении, о монашестве и о церковной дисциплине. В Отдел о богослужении представил доклады «О подготовке нового издания богослужебных книг со внесением в них всех существующих как печатных, так и рукописных служб русским святым» и «Об усилении и узаконении чествования по епархиям местных святых». В Отдел о церковной дисциплине представил доклад «О присвоении богослужебных отличий определенным церковным служителям и должностям и воспрещении раздавать их в качестве наград». Последний доклад был одобрен Отделом. На пленарном заседании выступал в качестве содокладчика по докладу о правилах канонизации святых в Русской Церкви. После восстановления Собором праздника Всех Святых в Русской земле просиявших принимал участие вместе с профессором Петроградского университета Борисом Тураевым в составлении службы на этот праздник.
По закрытии Собора — член Владимирского епархиального совета от монашествующих с 1918 по 1920 год.
20 января 1920 года был возведён в сан архимандрита и назначен наместником Владимирского мужского монастыря Рождества Пресвятой Богородицы.
Помощником и преданным духовным сыном о. Афанасия был Егор Седов, прихожанин, а затем церковный староста храма деревни Лыкова Юрьев-Польского уезда Владимирской губернии. Обстоятельства их знакомства неизвестны, но с 1920-х годов они поддерживали связь всю жизнь: переписывались, Егор Егорович поддерживал епископа Афанасия в заключении посылкой необходимых вещей, продуктов и денег, посылал ходатайства о его освобождении.
1 июля 1921 года назначен настоятелем Боголюбовского монастыря.
10 июля 1921 года — по благословению патриарха Тихона хиротонисан во епископа Ковровского, викария Владимирской епархии. Хиротонию в Крестовоздвиженском Нижегородском монастыре совершили: митрополит Владимирский и Шуйский Сергий (Страгородский); архиепископ Нижегородский и Арзамасский Евдоким (Мещерский); епископ Печерский, викарий Нижегородской епархии Варнава (Беляев).
17 марта 1922 года — арестован и препровождён в революционный трибунал. Освобождён 18 марта 1922 года. Снова арестован 30 марта 1922 года, в Великую среду. 27 мая 1922 года состоялся показательный суд по обвинению в связи с изъятием церковных ценностей. Приговорен к одному году, по амнистии освобожден 28 мая 1922 года.
Еще раз арестован 15 июля 1922 года. Освобождён 25 июля 1922 года.
И опять арестован — 10 сентября 1922 года. Приговор: два года ссылки в Зырянский край, считая с 14 ноября 1922 года. Тюрьмы: Владимирская, Московская, Таганская, Вятская. Этапы: 10 сентября 1922 года — 15 мая 1923 года. Пороживал в Зырянском краю: Усть-Сысольск, г. Усть-Вымь, с. Корчемье
В народном суде состоялся пересуд по делу о ценностях, приговор — 1 год заключения. В апреле 1924 года дело прекращено за давностью лет. Пробыл в Зырянском краю без приговора сверх срока 14 ноября 1924 — 20 января 1925 года. Возвратился во Владимир на церковное делание в феврале 1925 года.
8 сентября 1925 года — арестован в Гавриловом Посаде при поездке по епархии и препровождён во Владимир для выяснения личности. Освобождён 10 сентября 1925 года.
В обновленческом журнале «Вестник священного синода» есть упоминание, что епископ Афанасий, в отличие от других православных архиереев, согласился присутствовать на епархиальном съезде, который был созван обновленцами 15 сентября 1925 года для подготовки к III-му поместному собору. Из дальнейшего описания того события видно, что он явился туда не как участник, а скорее как обличитель и обвинитель.
В молитве участия не принял и не благословил собрание, а только сделал общий поклон и заявил, что ему на этом собрании быть совсем не следует, а явился он только по усиленной просьбе мирян, и за это присутствие на съезде должен просить прощение у митрополита Петра. Выслушав доклад о предстоящем соборе, епископ Афанасий стал говорить, что все обновленцы должны покаяться перед патриархом или его преемником; что синодальное (обновленческое) церковное управление неканонично и безблагодатно; что новорукоположенные синодальные архиереи — не архиереи, совершаемые ими хиротонии недействительны и посвящаемые ими должны быть перерукополагаемы, что он, епископ Афанасий, и делает. На собор 1 октября они («староцерковники») не пойдут. Для них был бы авторитетен только собор, созванный митрополитом Петром. В случае искреннего покаяния, пожалуй, можно будет принять обновленцев и в сущем сане. Высказав все это, епископ Афанасий удалился.
15 января 1926 года написал воззвание к Владимирской пастве о непризнании самочинного высшего церковного совета во главе архиепископом Екатеринбургским Григорием (Яцковским). В тот же день его арестовали по доносу примыкающих к обновленчеству священников. Один из них, иеромонах Александр (Чечель), самочинно обращался к высшей церковной власти, и архиепископ Николай (Добронравов) через преосвященного Афанасия вынужден был запретить ему выезд из Владимира без ведома находящегося в городе архиерея. Последовало обвинение владыки Афанасия в присвоении административных прав, на что он ответил: «В факте передачи моей иеромонаху Чечелю распоряжения архиепископа Николая нельзя усматривать присвоения мной административных или публично-правовых функций, так как в настоящее время все отношения архиерея к священникам исключительно основываются на признании последними нравственного авторитета первого». Освобождён 2 марта 1926 г.
В ноябре того же года назначен управляющим Ивановской епархией. В декабре того же года ему было предложено уехать из епархии или прекратить управление церковными делами. Отказался оставить вверенную паству. На замечание: «Если виновен — судите», им получен ответ: «Нам невыгодно вас судить».
Был снова арестован 15 января 1927 года как участник группы архиереев, использовавших церковь в антисоветских целях. С 3 января по 30 апреля того года — находился в Московской внутренней тюрьме.
За принадлежность к группе архиереев, возглавляемой митрополитом Сергием (Страгородским), был приговорён к трём годам Соловецких лагерей. Ленинградская пересыльная тюрьма — май 1927 год. Соловецкие лагеря — Разноволока, Чупа Пристань, Попов Остров, г. Кемь. Сторож, счетовод хозчасти, сторож. Арестован 23 декабря 1929 года. Отправлен на Соловецкие острова 24 декабря 1929 года. Возвращён на Попов Остров 1 января 1930 года. Болел сыпным тифом в январе — феврале 1930 года. В Соловецких лагерях по приговору июнь 1927 — 2 января 1930 года. Без приговора сверх срока — 2 января — 23 февраля 1930 года. Этапирован в Туруханский край на 3 года. Тюрьмы: Ленинградские Кресты, Новосибирская, Красноярская пересыльная и внутренняя — 23 февраля — 23 апреля. Г. Красноярск, Енисейск, Станки, Туруханск, Мельничное, Селиваниха, Пунково. Арестован в январе 1930 года, просидел в Туруханской каталажке январь — февраль 1932 года. Освобождён в феврале 1932 года. В Туруханском крае по приговору 30 апреля 1932 — 2 января 1933 года. Без приговора сверх срока — 2 января — 6 августа 1933 г.
С августа 1935 г. по 18 апреля 1936 г. — возвратился во Владимир, был на свободе, но не служил.
18 апреля 1936 г. — арестован. Приговорен к 5 годам Беломорско-Балтийских лагерей. Тюрьмы: Владимирская, Ивановская, внутренняя и пересыльная, Ярославская, Вологодская, Ленинградская пересыльная, Беломорские лагеря) ноябрь 1936 — июнь 1941 гг. Работал инкассатором. За похищенные у него деньги 1000 р. взыскана с него эта сумма и добавлено срока 1 год — декабрь 1936 г. — январь 1937 г. Работал на лесоповале, на строительстве кругло-лежневой дороги, бригадиром лаптеплетной бригады.
В августе 1937 г. вновь арестован без предъявления какого-либо обвинения и заключен в штрафной изолятор. Освобожден и возвращен на работы в конце октября 1937 г.
Арестован без предъявления обвинения и заключен в штрафизолятор в начале ноября 1937 г. Освобожден в декабре 1937 г. На майские праздники 1938 г. заключен в штрафной изолятор. В начале войны этапирован в Онежские лагеря пешком, прошел около 400 км, июнь — июль 1941 г.
В заключении был: по приговору 18 апреля 1936 г. — 18 апреля 1942 г., без приговора сверх срока 18 апреля 1942 г. — 30 июня 1942 г.
Бессрочная высылка в Омскую область. Совхоз Голышманово — ночной сторож на огороде июль — ноябрь 1942 г. Г. Ишим декабрь 1942 г. — ноябрь 1943 г. Арестован 7 ноября 1943 г. Тюрьмы: Ишимская, Омская, Московские: внутренняя, Лефортовская, Бутырская, Краснопресненская — ноябрь 1943 г. — июль 1944 г. Сибирские лагеря: полевые работы — август — сентябрь 1944 год. Ассенизатор сентябрь 1944 г. — август 1946 г. Арестован 30 августа 1946 г. Мариинский пересыльный пункт, Московские тюрьмы: внутренняя, Бутырская, Краснопресненская август — сентябрь 1946 г. Темниковские лагеря — плетение лаптей. Дубровлаг — инвалид без работы.
5 марта 1952 года, по окончании срока заключения, Особое совещание при МГБ СССР приняло постановление об освобождении владыки и направлении его в дом инвалидов под надзор МГБ. Но лишь еще через два года, 18 мая 1954 года, епископ был перевезен в Зубово-Полянский дом инвалидов.
Святитель Афанасий писал: «27 июня 1954 года исполнилось 33 года архиерейства. За это время: на епархиальном служении 33 месяца. На свободе не у дела 32 месяца. В изгнании 76 месяцев. В узах и горьких работах 254 месяца».
Духовный сын и друг епископа Егор Седов ездил в Москву и хлопотал об освобождении епископа Афанасия. Наконец в марте 1955 года ему удалось забрать совершенно больного епископа Афанасия из дома инвалидов, взяв его на поруки. Епископ был в полном изнеможении, едва ходил. Егор Седов привез его в Тутаев, к себе домой. До конца октября прожил владыка в его доме.
Последние годы земной жизни еп. Афанасий жил в Петушках, это были годы затвора и ученого подвижничества. Несмотря на преклонный возраст и перенесенные труды и болезни, он с юношеским рвением трудился над исследованием православного богослужения, житий русских святых и составил обстоятельный труд «о поминовении усопших по уставу православной церкви». Как знаток богослужения православной церкви и православной агиографии, с 1955 года трудился в качестве председателя Богослужебно-календарной комиссии при издательстве Московской патриархии и внес немало исправлений в месяцеслов святых.
Печатных трудов до 1957 года у него не было, были лишь черновики разных больших статей.
Любовь, теплоту и сердечность чувствовал каждый, кто соприкасался с благостным архипастырем. Беседы с ним были увлекательны.
Скончался 28 октября 1962 года в 8 часов 15 минут. Во вторник 30 октября, в доме святителя в Петушках игумен Кирилл (Павлов) служил великую панихиду. Лик почившего был светлым и благодатным, а тело не имело ни малейших признаков тления.
Почивший архипастырь оставил такое завещание: «Моих друзей, чад духовных и всех, кому судит Господь послужить при моем погребении, усердно прошу, чтобы как чин погребения, так и все поминальные моления совершать по возможности с точным соблюдением всех правил церковного устава о поминовении усопших. В частности, прошу, чтобы накануне погребения около моего гроба отнюдь не было совершенно никакой так называемой заупокойной всенощной. Пусть будет совершена только великая панихида с непорочными и положенными к ним припевами и с полным каноном».
Завещание было исполнено.
