Михаил Парвицкий — сын причетника села Шапкина Ковровского уезда Владимирской губернии, родился очень слабым и сразу же был крещен с именем Михаил и в белой крестильной рубашке положен под святые иконы в ожидании смерти. Но младенец остался жить. Когда в сане митрополита высокопреосвященный Макарий в 1913 году (ему было уже 78 лет) посетил родное село, он вспоминал: «Вот теперь передо мной как живые встали картины моего раннего детства... Вот этот клирос правый... Здесь я помогал своему отцу петь... А здесь я разжигал кадило... Как живую я сейчас вижу свою мать, стоящую рядом с нищими... И как она горячо всегда молилась, и меня, тогда еще малютку, нередко ставила рядом с собой и заставляла преклонять колена во время молитвы... Помню, как я горячо однажды взывал к Богу со своей просьбой послать мне тулупчик, так как по бедности родителей я не имел теплой одежды, и Господь послал мне... Рос я хилым и слабым ребенком, и мне многие предрекали раннюю смерть... да и смерть дважды хватала меня в свои холодные объятия: однажды я полузамерз на льдине, а в другой раз был убиваем разбойниками. Но молитва матери спасла меня от напрасной смерти, и по ее молитве я стал тем, чем есть теперь».
В 1843 году побуждаемый крайней нищетой и желанием из пономаря сделаться дьяконом Андрей Парвицкий, отец владыки, с многочисленной семьей направился в Тобольск, места не получил, но остался там.
Михаил поступил в Тобольскую духовную семинарию. От усиленных занятий и неумеренного постничества силы юного аскета оказались настолько подорванными, что он сильно заболел и был близок к смерти. Но Господь сохранил его, здоровье Михаила скоро поправилось, хотя слабость и недомогание были его спутниками все последующие годы жизни.
В 1854 г. 19-летний Михаил окончил духовную семинарию вторым по разрядному списку. Он мог продолжить учебу в Духовной академии, но решил служить Богу и людям. Как сам владыка вспоминал тридцать лет спустя при наречении его в епископа Бийского: «Не суждено было мне уготовиться к высокому служению святительства в высшем святилище наук, хотя было звание к тому и раз, и два. Смею думать, что не случайно, но промыслительно было сие, да не уклонюся от пути миссионерства, мне предназначенного и душею моею от юности излюбленного; ибо еще на школьной скамье мысль о миссионерстве занимала меня. Известия об апостольских трудах патриарха российского миссионерства влекли сердце мое к алеутам американским; но Промысл Божий, случайным разговором со мной одного из присных моих, указал мне путь к алеутам алтайским, в Алтайскую миссию, где и обретен мною мир душе, томившейся исканием пути, в онь же пойду. Тридцатилетняя жизнь на Алтае была для неопытности моей той академией миссионерства, какую некогда открыть предполагалось в центре России.»
Родители благословили Михаила, и он 22 февраля 1855 г. был принят в Алтайскую миссию в звании учителя и миссионерского сотрудника. Помощь свыше явилась ему, когда он принялся изучать язык местных жителей. Сначала было очень трудно, но «к весне Михаил Андреевич чудесно усвоил алтайский язык: в семье толмача Чевалкова к нему привязались все, как и в семье о. Стефана; и как дивился сам Чевалков и его семья тому, что скоро научился он понимать язык их родины.
«Матерь Божия помогла!» — говорил Михаил Андреевич, и стал заниматься вместе с толмачом переложением священных книг на язык Алтая.
В 1855-1857 гг. он трудился учителем церковного пения в Улалинском училище и служил псаломщиком в церкви. Владыка Макарий об этих дгодах вспоминал: «Мы не говорим о трудностях миссионерских путешествий, которые доводятся редко в экипаже, никогда в вагоне, но нередко пешком, на лыжах, часто верхом, на лодке, под дождем, иногда в снежную метель, все это — болезни и труды для тела. Но есть страдания большие — страдания души. Миссионер — страдалец, он страдает душой в начале служения своего от среды, в которую попадает, там нет ни родной семьи, ни родного общества, ни привычной для него жизненной обстановки. Среди инородцев, сперва чуждых для него по языку, по обычаям, чужой и для них, он чувствует иногда ужасную истому от одиночества, он не обретает здесь человека, с которым мог бы поделиться своим горем, поведать свою скорбь и в дружеском и братском разговоре найти для себя некоторую отраду... Немалую тугу для миссионера составляет недостаток материальных средств, таковой недостаток и всегда чувствителен, особенно для семейных, и в начале существования миссии миссионеры буквально нищенствовали. Одежда у них была столь убога, что когда они были посылаемы в ближайший город по делам миссии, то городские жители тотчас узнавали явившегося по одежде его, что он из миссии: на подоле рукава дырявые, сапоги таковые же. Вот миссионер отправляется в путешествие. Чем он тогда питается? Утром — чай с сухарями, вечером опять чай с сухарями, иногда, для разнообразия, чай с толокном». Миссионеры не только просвещали алтайцев и совершали богослужения, но и сами же выполняли физические работы: пекли хлеб, разгребали снег, мыли пол, готовили дрова и топили печь«.
Молодой проповедник все свое время проводил в далеких аилах, проповедуя истинную веру. Известны плоды этих трудов. В записках многолетнего миссионера священника Василия Вербицкого рассказывается о двух юношах, которые зимой 1857 г. пришли к нему из аила Ужлэпа и попросили крестить их. Отец Василий убедился, что они хорошо наставлены в вере и даже знают некоторые молитвы: «Мы знаем о Боге, — скромно, но убедительно сказал старший. — Ведь он приходил к нам летом, тот, кто научил нас Его любить... такой молодой, добрый... ах, как говорил нам с Кобрахом о том, как любит Господь крещеных людей потому, что Он им Отец, и как хорошо быть детьми такого Отца... Нам никто не мешал: мы сделали ему шалаш из ветвей, потому что пошли дожди. И четыре дня он был с нами... Не разводя огня, проводил он ночи, потому что не хотел, чтобы о нем узнали, пока он нас не научит, и на пятый день сказал нам с грустью, что должен идти к другим...». Отец Василий стал расспрашивать новообращенных, как выглядит их наставник. «Мне сразу же подумалось, что их учитель был наш сотрудник Невский, юноша с горячим сердцем, но он постоянно был на деле при миссии и не мог бродить по далеким аилам, так как имел мало досуга... Кто же был этот Божий слуга, чья душа томилась о подвиге и чьи ноги обтекали глухие углы Алтая, ища для Господа людей?» Несколько месяцев спустя отец Василий проезжал то село, в котором жили юноши, принявшие крещение. Он встретился с ними. «Мы ехали тихо и близились к цели, разговаривая между собою, когда из-за поворота с горы, почти на нас, немного забирая влево к горной тропе, выехал всадник без проводника.
— Брат Михаил! — крикнул я.
Я поехал к нему быстро, но мои спутники перегнали меня...
— Добрый наш, мы тебя искали везде и нашли, слава Богу...
Они говорили, перебивая друг друга, а он сидел, полный смущения, стараясь не смотреть на меня, и сказал своим тихим голосом, обращаясь ко мне:
— Простите, отец Василий, что я не дождался вас: там все сделано, а в вершине Кара-сука есть больные.
— Простите меня, — наклонился он к молодым новокрещенным, — я рад за вас... я приду к вам, но теперь мне нужно спешить... Простите меня...
И, подогнав коня, быстро поехал по каменистой оснеженной дороге, озаренной розовыми тонами заката.
А мои новокрещенные, сняв шапки, смотрели ему вслед с радостными лицами, не садясь на лошадей...
У меня шибко билось сердце, и слезы просились на глазах.»
В 1857 г. Михаил Невский становится рясофорным послушником. 16 марта 1861г. он принял монашеский постриг с именем Макария в память преподобного Макария Великого, на другой день епископ Томский и Енисейский Порфирий (Соколовский) рукоположил его в иеродиакона. 19 марта состоялась иерейская хиротония. После этого иеромонах Макарий направляется на миссионерское служение в Чемальский стан. С принятием священства миссионерские возможности о. Макария расширились. Раньше он проповедовал и научал основам христианства тех, кто откликался на его проповедь. Он также готовил людей к причащению. Теперь он мог сам крестить, преподавать святые Христовы Тайны, насколько позволяли условия совершать службы. Нередко о. Макарий действовал и как врач — к миссионерам обращались при тяжелой болезни. Хотя знания его были весьма простые, аптечка скудной, он доставлял облегчение людям, восполняя недостаток материальных средств усиленной молитвой.
В «Русском паломнике» за 1911 г. рассказывается об исцелении о. Макарием алтайца, находившегося с точки зрения медицины в безнадежном состоянии. У больного была запущенная гангрена. Заклинания местных знахарей не помогли. Больной худел, тяжело страдал, а родственники избегали его, как порченого. К физическим страданиям присоединились и нравственные. В таком положении, находясь в состоянии отчаяния, больной приехал к отцу Макарию. О. Макарий порылся в аптечке и дал лекарство:
— Прими это внутрь и думай о Боге, Творце мира, о Христе, исцеляющем недуги, проси его: «Христос, исцели!»
— Христос, исцели! — сказал алтаец.
Через некоторое время алтаец выздоровел и крестился. Духовная семья о. Макария увеличилась«.
Известен и случай, как отец Макарий высосал смертельный для человека яд из ноги мальчика, укушенного змеей. Проводник его, местный житель, предостерег его: «Если тебе попадет яд, ты умрешь». Миссионер спас мальчика и остался жив.
Отец Макарий не боялся смерти. Как-то раз он закончил службу в церкви, и ему сообщают, что в одном из селений часть инородцев возмутилась и пошла с кольями на другую... Многие были уже тяжело ранены, были и убитые... Как ни отговаривали о. Макария, указывая ему на явную опасность его появления среди разъяренных дикарей, он остался непреклонен. Он немедленно отправился туда и его появление поразило дерущихся своей неожиданностью. Вначале оно их как будто еще более озлобило. Слова увещания не действовали.
— Зачем он здесь? — закричал предводитель одной из сторон и ударил о. Макария.
О. Макарий упал, но быстро поднялся и продолжал говорить. За минуту дикие и полные гнева алтайцы теперь окружили его, целовали его руки и просили у него прощения«.
Выдающимся вкладом в дело алтайского миссионерства была переводческая деятельность владыки. В 1864 г. иеромонах Макарий прибыл в Санкт-Петербург для печатания в синодальной типографии богослужебных переводов на алтайский язык. Прожил в столице два года. Вся правка корректур и сношения с цензором алтайских изданий лежала на нем.
В 1867 г. отец Макарий вновь прибыл в столицу и трудился там до июля 1868 года. За оба срока пребывания в Санкт-Петербурге были напечатаны на алтайском наречии:
Большая часть этих книг вновь переведена была о. Макарием, и только некоторые были переведены до него, а им были пересмотрены и исправлены, причем окончательно установлена была транскрипция алтайской письменности. Во всяком случае, ему принадлежит напечатание первых книг на алтайском языке... Переводы иеромонаха Макария и его сотрудника Чевалкова положили прочное начало той, обширной уже, переведенной письменности алтайской, которая до того развивалась на данных им началах. Начала эти заключались в следующем: перевод на одно из алтайских наречий (телеужское), но с выбором таких слов и оборотов, которые делали бы переводимое понятным алтайцам, говорящим на других наречиях, изучение духа и конструкции алтайского языка, его внутреннего и внешнего склада, чтобы перевод воспроизводил в уме инородца те же мысли и чувства и в том же порядке и направлении, в каком русский текст производит в уме русского свободное творчество в сознании новых слов и в установлении христианской терминологии на алтайском языке, понятом инородцам и в то же время нисколько не напоминающей им прежних образов языческой веры Отец Макарий, чтобы найти и ввести в употребление новый термин, нередко специально отправлялся на несколько недель или месяцев в глухие места Алтая и после многих бесед с местными жителями, убедившись, что для выражения того или иного христианского понятия подходит, а для алтайцев понятно то, а не другое слово или выражение, принимал его к употреблению.
Важным событием в просветительской деятельности Алтайской миссии было составление в 1868 г. совместно с Чевалковым (он умер протоиереем) алтайской азбуки. «Составлена она применительно к звуковому способу и притом так, что по ней обучение начинается чтением на алтайском языке, затем делается переход к русскому, и потом текст идет совместно на двух языках. К азбуке приложены главнейшие молитвы и книжка для чтения из мест Священного Писания, составляющих в общем краткое, но цельное изложение догматического и нравственного учения». Обзор переводческой деятельности отца Макария будет весьма неполным, если не назвать и другие его труды. Он перевел сначала Евангелие от Матфея, а позже все Четвероевангелие. Из богослужебных книг: Всенощное бдение, Пение на всенощном бдении и литургии, Учебный Часослов, Требник с дополнениями, Правило для готовящихся ко Св. Причащению, Полный служебник на алтайском языке с параллельным славянским текстом.
В 1865 г. начальником Алтайской миссии был назначен архимандрит Владимир (Петров). Он направил иеромонаха Макария в Казань для изучения школьного дела. Отец Макарий знакомился с методами обучения крещеных татар полтора года (с июня 1868 г. по декабрь 1869 г.).
По возвращении из Казани отец Макарий устроил в Чопоше по типу крещено-татарских школ училище на семьдесят человек с общежитием. Уже через два года воспитанники добились впечатляющих успехов. Посетивший училище томский губернатор Андрей Супруненко пришел в восхищение от ответов учеников. Он сообщил об этом министру народного просвещения, ходатайствуя о награждении руководителя училища орденом святой Анны.
В 1872 г. училище в Чопоше выпустило первых учителей для других школ. Ученики руководимой отцом Макарием школы сеяли семена христианской веры в окрестных аилах, куда являлись для чтения по-алтайски назидательных рассказов, бесед и пения и церковных молитв.
Отец Макарий привлекал учащихся к переводческой деятельности. В результате появилась целая библиотека христианской литературы: переводной и оригинальной, печатной и рукописной.
29 июля 1871г. иеромонах Макарий был возведен в сан игумена, а в 1875 г. стал помощником начальника Алтайской миссии. Со слов епископа Арсения (Жадановского), близко знавшего митрополита Макария на Московской кафедре, назначение это самого отца Макария не порадовало. Предстоял переезд в Улалу, где был стан Миссии. Пастырю тяжело было расставаться с чопошцами и со своим детищем — училищем. Он остался бы при своей пастве, но как монах не мог отказаться от своего нового послушания.
С назначением на должность помощника начальника Миссии на игумена Макария была возложена ответственность ежегодно обозревать все миссионерские станы и наблюдать за состоянием школьного дела. Опытный и ревностный руководитель оживил дело просвещения и обучения среди алтайцев: улучшилось преподавание, возросло число учащихся.
Новое служебное положение игумена Макария расширяло его возможности проявить инициативу, к которой он всегда был склонен. Труды его усугубились. Он снискал искреннее уважение и любовь архимандрита Владимира. Когда в 1880 г. была учреждена Бийская кафедра, а архимандрит Владимир был рукоположен в епископа и поставлен во главе ее, священноначалие определило быть игумену Макарию его преемником по руководству Миссией. В 1883 г. отцу Макарию был дан сан архимандрита.
Сердечные отношения к своим сотрудникам, умение подвигнуть их на труды, организаторские дарования, а также любовь и уважение алтайцев обеспечили успех его руководства Миссией. При нем значительно возросло число станов, церквей, школ, умножилось число крестившихся, расширилась Миссия.
Во время его руководства Алтайской миссией раздвинулись и границы миссионерской деятельности. Просветительское влияние распространилось также на Киргизию (в 1882 г. была открыта Киргизская миссия, которую также возглавлял отец Макарий), Нарымский край, Минусинский округ. Влияние это шло через воспитанников Бийского училища. Открытое в 1883 г., оно готовило катехизаторов из местных жителей. Сначала его учащиеся сопутствовали миссионерам в их поездках, а потом сами стали совершать миссионерские путешествия. Архимандрит поставил это училище на образцовую высоту.
Архимандрит Макарий ясно понимал значение монастырей на Алтае в миссионерском деле. В 1881 г. Улалинская женская община, основанная еще в 1863 г., стала Николаевским миссионерским монастырем. Несколько сестер его стали учителями миссионерских школ, а несколько насельниц было послано в Серафимо-Понетаевский монастырь Нижегородской епархии для обучения иконописи и живописи.
Зимой 1881 г. игумен Макарий заболел. Приглашенный врач установил тяжелую форму брюшного тифа. Епископ Владимир (Петров) направил человека с письмом в Улалу, где находился чудотворный образ великомученика и целителя Пантелеимона, с просьбой помолиться о недугующем. Вскоре на имя о. Макария с Афона пришел конверт, в котором была копия с иконы великомученика Пантелеимона. В письме было сказано: «От таких изображений бывают исцеления болящих, притекающих с верою». Игумен Макарий положил на грудь изображение и стал молиться, но сил было мало. Приехавший доктор, измерив температуру, сказал, что у больного жар. Если не будет печального исхода, жар будет держаться с неделю. Вечером чудесным образом произошла перемена. Больной пропотел и не чувствовал жара. Доктор сперва не хотел верить: утром он много возился с больным, желая достигнуть хотя бы небольшого увлажнения кожи, натирая тело мокрыми полотенцами, но результата не достиг никакого.
12 февраля 1884 г. архимандрит Макарий был рукоположен в епископа Бийского, а его предшественник епископ Владимир был поставлен на Томскую кафедру.
26 мая 1891 г. владыка Макарий определен епископом Томским и Семипалатинским. И на новом месте он продолжал заниматься миссионерской деятельностью, возглавил Томский комитет Православного миссионерского общества. Для регулярного влияния на томское общество проповедью Владыка в архиерейском доме выделил помещение, где в течение всего года в воскресные дни преподавались уроки веры путем объяснения Евангелия и изложения православного учения. Сообщались также сведения исторические. С христианских позиций оценивались современные события. В будние же дни там устраивались богословские чтения для интеллигенции. В 1903 г. возникли пастырские собрания Томского духовенства и преподавателей духовно-учебных заведений.
Внимание к воспитанию и религиозному образованию народа привело к созданию целой сети церковных школ, которых до епископа Макария не было. При нем по числу их Томская епархия заняла первое место среди сибирских епархий. Подавая пример духовенству, Владыка завел при архиерейском доме школу грамоты, которая со временем стала церковно-учительской. Весь учебный и воспитательный процесс здесь строился по указанию Владыки. Он сам писал для школы изложение истории, христианского домостроительства и главных догматов о Боге и Святой Церкви и ежедневно посещал школу, проверяя знания учеников и общее состояние дела, причем дети, непосредственно чувствуя святительскую ласку, не смущались высокого гостя, не сторонились его, а доверчиво беседовали с Владыкой, обнаруживая иногда наивную, но трогательную близость и простоту общения.
27 октября 1895 г. Казанская духовная академия избрала владыку Макария своим почетным членом. 6 мая 1903 г. он был награжден бриллиантовым крестом для ношения на клобуке. 6 мая 1906 г. Владыка был возведен в сан архиепископа.
В ноябре 1912 г. священномученик митрополит Владимир (Богоявленский) был переведен с Московской кафедры на Санкт-Петербургскую кафедру. Обер-прокурор Святейшего синода В. К. Саблер предложил кандидатуру архиепископа Антония (Храповицкого). Сначала Государь согласился, но через несколько дней переменил решение. 25 ноября 1912 г. вышел «Высочайший рескрипт о назначении архиепископа Томского на Московскую митрополию». «У Владыки Макария, — писал епископ Арсений (Жадановский), близко знавший его в должности викария Московского митрополита, — в прошлом был полувековой миссионерский подвиг, природная способность учительства и продолжительный монашеский, святительский и старческий опыт; он имел приобретенные долголетней жизнью всесторонние познания, даже чисто житейские, практические, во сто крат превышающие всякие академические степени».
Для тесного сближения с московским духовенством владыка устраивал по благочиниям специальные собрания, на которых всегда бывал сам, совершив перед этим Божественную литургию в главном храме благочиния.
Страницы «Московских церковных ведомостей» представляют собой своеобразную летопись его ревностной архипастырской деятельности.
Он выступает с архипастырскими посланиями. В одном из них он обращался к священнослужителям: «Многие пастыри не пасут вверенного им стада, хотя одеваются шерстью и питаются молоком от него... Многие пастыри небрежно относятся к своим пастырским обязанностям: некоторые редко совершают богослужения, особенно литургию, а иные, хотя и служат в церкви, но весьма небрежно, неохотно, в храме так все убого, уныло, что пасомые охладевают к вере и перестают посещать богослужения». Его поездки по епархии ставили цель возбудить активность внутренней миссии: «Я приехал смотреть не храм ваш и не здания, хотя и это входит в цель моего посещения, но узнать, как устрояете вы свой храм духовный, как живете вы, как спасаете души ваши, как преуспеваете в вере и благочестии». Он посещал местности, которые были центрами старообрядчества (Гуслицы, Павлово, Богородск и др.) с тем, чтобы местным пастырям преподать советы из своего богатого миссионерского опыта. Как председатель Православного Миссионерского общества он много делал для его активизации, укрепления его связи с жизнью.
Особой заботой митрополита Макария было учебное дело. Его интересовали не только Московская духовная академия и другие духовно-учебные заведения, но и состояние воспитательного дела в гимназиях, и даже в приходских школах. Так, 28 октября 1915 г. он посещает Воскресенско-Ваганьковскую церковно-приходскую школу.
У митрополита Макария были искренние и духовно-молитвенные отношения с преподобномученицей Елисаветой Феодоровной. Он нередко посещал Марфо-Мариинскую обитель и выступал там.
В 1913 году митрополит Макарий получил чудесное исцеление по молитвам св. праведного Иоанна Кронштадтского, с которым его связывали тесные духовные узы. Владыка около шести лет страдал болезнью кожи. «Сухая экзема превратилась затем в мокрую, переходила с одной части тела на другую: со ступней ног на голени, оттуда поднималась все выше и выше, поражая руки и спину. Особенно беспокоила болезнь меня ночью: нужно было вставать в полночь, снимать бинты, старую мазь стирать, смывать, новую намазывать на больные места и опять бинтовать. Так продолжалось до 20 декабря 1913 г. В тот день я приглашен был в Ивановский монастырь служить литургию в усыпальнице, где погребено тело свято чтимого пастыря и молитвенника. После обедни по обычаю была отслужена панихида у гробницы почившего. Я просил исцеления. С того же дня началось и мое освобождение от мучительного недуга... Приготовленные на всякий случай снадобья остались без употребления. Тогда мне понятно стало, что со мной совершилось чудо милости Божией по молитвам того, кто еще при жизни прославился как чудотворец».
После образования Временного правительства начинается грубое вмешательство революционной власти в жизнь Церкви. Эта политика проводилась через назначенного 4 марта обер-прокурора Владимира Львова, впоследствии порвавшего с православной церковью и присоединившегося к обновленческому расколу. Были смещены с занимаемых ими кафедр как «консерваторы» и «монархисты» видные архиереи: митрополит Петроградский Питирим (Окнов), священномученик архиепископ Тверской Серафим (Чичагов), священномученик архиепископ Калужский Тихон (Никаноров), священномученик епископ Черниговский Василий (Богоявленский) и другие.
Св. Синод постановлением от 20 марта 1917 года решил уволить за преклонностью лет на покой и митрополита Макария Московского. Владыка Макарий сам рассказал о тех мерах воздействия, которые были применены к нему, чтобы получить от него прошение об уходе на покой: «Такое давление совершалось дважды. В первый раз оно выразилось в том, что обер-прокурор, прибыв на митрополичье подворье в Петрограде с вооруженной стражей, вечером вошел в комнаты митрополита и, подозвав меня к себе жестом руки, выкрикивал по адресу моему: "Распутинец! Распутинец!". Потом, пригрозив Петропавловской крепостью, потребовал, чтобы я тотчас садился писать прошение в св. Синод об увольнении меня на покой. Требование мною молчаливо было исполнено. Обер-прокурор взял его и на ближайшем синодальном заседании передал его первенствующему члену св. Синода. Но на одном из последующих заседаний это прошение было мне возвращено, согласно моей просьбе, как написанное под угрозою. Второе мое прошение об увольнении на покой было написано также под давлением того же обер-прокурора. Дело состоялось так быстро, что ни я, ни, вероятно, члены св. Синода не успели справиться с правилами канонов, в которых постановлено: рукописания отречения от управления, вынужденные у епископа страхом или угрозами, недействительны».
Предшествовали увольнению митрополита Макария также собрания части московского священства и мирян, стремившихся вести церковную жизнь «на новых началах». Для них владыка Макарий был «старомонархический» архиерей.
О незаконности смещения митрополита Макария с Московской кафедры пишет епископ Арсений Жадановский: «И вот, как всегда случается при гонении на святых людей, выставлены были лжесвидетельства против законного представителя Московской церкви: будто он по старости лет не в состоянии уже управлять епархией... Как известно, дело духовное никогда не стареет, и маститый святитель лишь преуспевал из года в год в служении Церкви и в пастырстве, а потому и осталось навсегда вопросом, зачем же удалили с кафедры митрополита Макария? Людей верующих это событие не могло не волновать. По церковно-каноническим правилам насильственное лишение епископа своей кафедры является недействительным, хотя бы оно произошло "при рукописании" изгоняемого. И это понятно: всякая бумага имеет формальное значение, написанное под угрозой не имеет никакой цены».
Митрополиту не разрешили жить в Свято-Троицкой Сергиевой Лавре. Он переехал в Зосимову Смоленскую пустынь, но и оттуда попросили его уехать. Местом его пребывания определили подмосковный Николо-Угрешский монастырь: «окружной дорогой повезли святителя на ближайшую к Угреше станцию, не дав ему даже заехать в Москву и проститься с паствой. Выслана была одна лошадь с весьма грязным экипажем, в котором повезли Владыку на место заточения. Добрые люди передавали, что нельзя было без слез смотреть на это унижение московского митрополита». Когда после случившихся событий епископ Арсений Жадановский был в Серпухове, то священнослужители города говорили о своем несогласии с удалением митрополита. Они составили от лица священства г. Серпухова и уезда послание, в котором выражали свою преданность и любовь к старцу-святителю. «Это заявление мы отвезли Владыке Макарию и он с кротостью и смирением просил передать всем благословение, а на бумаге написал: «Бог простит. Прошу и я прощения, да покроет всех нас Господь Своей милостью»... Вначале огорченный, старец потом с радостью прощал всех приходящих к нему, видя в этом залог для привлечения благодати и милосердия Божия на «люди согрешившие».
Владыка прожил в Николо-Угрешском монастыре восемь лет. Имея призвание благовествовать Христово учение, учить и преподавать о Христе Спасителе, он был лишен такой возможности и находился в «заточении», как он сам называл свое положение. Это было причиной его душевных страданий. Когда открылся в августе 1917 г. всероссийский Поместный собор, Владыка подал прошение рассмотреть его дело. Его поддержали сибирские иерархи, внесшие запрос о скорейшей ликвидации дела митрополита Макария. «Собор внял, наконец, настойчивому ходатайству архипастырей-миссионеров и вынес полное оправдание святителю-изгнаннику. К сожалению, это постановление не было объявлено всецерковно, а лишь негласно сообщено ему одному».
Привыкший к деятельности Святитель просил назначить его на другую кафедру. Дело завершилось три года спустя, когда он был утвержден патриархом Тихоном в звании митрополита Алтайского.
Дважды митрополита Макария посещали с обыском (20 июля и 20 октября 1918 г.). Представители власти унесли ценные документы: дневники за 1915-17 годы и десять папок, в которых содержались проповеди, письма, бумаги по Алтаю и Москве и др. Живя в Николо-Угрешском монастыре, святитель 3 октября 1918 г. подвергся нападению вооруженных бандитов. Подробности об этом мы узнаем из письма владыки от 11 октября на имя патриарха Тихона: «В 6 часов вечера сказанного числа, когда началось вечернее богослужение в моей домовой церкви, вошли несколько вооруженных револьверами лиц, через парадную лестницу прямо в алтарь, а оттуда в смежный молитвенный зал, где по обычаю, я нахожусь во время богослужения... Старший, бывший во главе пришедших, предложил мне сесть и начал делать допрос в грубой форме о хранении денежных капиталов и моей ризницы... Не найдя там искомого, он дерзко стал требовать указать место хранения денег, при этом начал угрожать расстрелом. Услышав в ответ, что я запасных капиталов не имею, содержусь на средства пенсии и при помощи монастыря, он направил на меня револьвер, который держал в руке. На это я ответил, что смерть нам, христианам, не страшна, я готов, и, перекрестившись, обратился к нему грудью, ожидая выстрела, но такового не последовало. Разгневанный неудачей своей, он подошел и сделал мне оскорбление рукой».
В «Воспоминаниях» епископа Арсения содержатся дополнения к рассказу митрополита: «...приставив револьвер, стали угрожать смертью, настойчиво требуя денег, которых никогда не было у нестяжательного старца. Одев на себя облачение и митру, бесстыжие люди издевались над владыкой, а один из них, с папироской во рту, сорвал крестик со скуфьи, бывшей на голове архиерея Божия, и рванул его за бороду. «Что ты кощунствуешь? — кротко спросил старец, — Неужели Бога не боишься?». Спустя некоторое время келейник Владыки встретил в Москве на улице одного из участников грабежа, который остановил его и спросил: «Вы из Угреши, от митрополита? Передайте ему, что я прошу у него прощения. Мне стыдно вспомнить, как мы с ним обошлись». Когда старцу передали об этом, он перекрестился и сказал: «Слава Богу, совесть заговорила, я давно все им простил».
По праздничным и воскресным дням владыка служил в соборе монастыря, произносил проповеди, принимал на благословение народ, общался со своими духовными чадами, которые приезжали к нему. Он пользовался любой возможностью учить и наставлять детей. Приходили к нему дети не только жившие вблизи монастыря, но и из местной колонии. Они очень любили посещать старца. Ольга Дефендова, ухаживавшая за митрополитом, рассказывала: «В утешение святителю дети говорили стишки, читали молитвы, пели из "Лепты", а он учил их священной истории, задавал уроки, спрашивал и вразумлял. В праздники малыши прибегали к обедне, а в дни Ангела непременно исповедовались и причащались... Дети очень любили старца и не боялись его: например, трехлетние малютки говорили ему стишки и льнули к нему своей ангельской душой... Так утешали дети святого нашего старца, он же всем им отвечал одинаковой любовью и лаской. Трогательно было все это видеть и наблюдать».
Большую радость доставляло владыке Макарию посещение его духовно близких ему людей. Несколько раз приезжал к нему в Николо-Угрешский монастырь патриарх Тихон. Сохранилась совместная фотография. Бывал у митрополита Макария архиепископ Бийский Иннокентий (Соколов), обсуждавший с ним миссионерские дела на Алтае. Особое внимание оказывал владыке Макарию благоговейно чтивший его епископ Серпуховской Арсений, уверенный в его святости. Об этом он писал в богатых жизненными подробностями воспоминаниях.
В 1925 году владыка хотел ехать на похороны патриарха Тихона, но не смог. А когда новый местоблюститель митрополит Петр (Полянский) приехал к старцу просить благословения на новое, в высшей степени ответственное свое служение, владыка Макарий с любовью принял его, отзываясь о нем, как о человеке достойном, простой души, и, в знак расположения, подарил ему свой белый клобук.
Вечером 7 (20) августа 1920 г. Владыку постигла болезнь, которая до конца жизни изменила внешний строй его жизни — частичный паралич. Болезни Владыка переносил просто и без ропота. Почти постоянное самоукорение было его обычным настроением. Порой оно было настолько сильным, что ему приходили мысли о своей неготовности к смерти. Нередко говорил: «Не готов я. Какой ответ дам Богу, что отвечаю, чем оправдаюсь? Добрых дел не имею, а все сделанное не мое».
В феврале 1926 года Владыка заболел воспалением легких. За несколько дней до смерти он перестал принимать пищу и говорить. 16 февраля (2 марта) над ним было совершено таинство елеосвящения (соборование) архиепископом Иннокентием, епископом Арсением и другими приехавшими из Москвы пастырями. Болящий Владыка сознавал происходящее. Глаза его были открыты, сам он держал свечу.
Вечером 16 февраля в присутствии митрополита Макария была совершена всенощная священномученику Ермогену. Владыка лежал тихо и спокойно. После окончания службы все вышли из комнаты, но через полчаса сестра милосердия сообщила, что владыка умирает. Преосвященный Арсений дважды прочел отходную. «Едва я кончил, как святитель Божий глубоко вздохнув, тихо предал дух свой Господу».