Василий Шимкович — сын священника из села Тереховки Гомельского уезда Могилёвской губернии в семье священника, белоруса по национальности.
Первоначальное религиозно-нравственное образование получил дома, затем учился в Гомельском духовном училище и Могилевской духовной семинарии. В 1867 году 26-летний Василий Шимкович окончил Киевскую духовную академию. Женился. 28 июля 1868 года был рукоположен в сан иерея к Николаевской церкви Могилева. 14 января 1870 года назначен преподавателем Могилевской духовной семинарии, в следующем году удостоен степени кандидата богословия.
1 ноября 1872 года назначен членом Могилевской духовной консистории с увольнением от духовно-учебной службы. В 1879 году возведен в сан протоиерея. Овдовел. 20 июня 1884 года был пострижен в монашество с возведением в сан архимандрита. Тогда же назначен настоятелемМогилево-Братского монастыря.
24 апреля 1887 года состоялось его наречение, а 9 мая — хиротония во епископа Нарвского, викария Санкт-Петербургской епархии. С 24 августа 1890 года — епископ Сумской, викарий Харьковской епархии. С 5 декабря 1892 года — епископ Екатеринославский и Таганрогский. С 12 июня 1896 года — епископ Екатеринбургский и Ирбитский. Прибыл на кафедру 28 июня.
С 2 июня 1897 года уволен на покой в Корсунский Богородичный монастырь города Каховки, а затем — в Херсонский Владимирский монастырь.
С 31 января 1900 года — епископ Острогожский, викарий Воронежской епархии. Резиденцией его стал Алексеевский Акатов монастырь. Деятельно участвовал в делах епархии — инспектировал приходы и училища, рукополагал священников, освящал храмы, участвовал в работе церковного историко-археологического комитета и миссионерского общества, председательствовал в епархиальном училищном совете и много приложил труда в деле образования в церковноприходских школах. По его настоянию в Алексеевском Акатовом монастыре была отремонтирована двухэтажная церковь, организованы для прихожан воскресные религиозно-нравственные чтения со световыми картинками. В первом ярусе надвратной колокольни была устроена крестовая церковь, освященная 27 июня 1903 года во имя преподобного Сергия Радонежского.
В мае 1913 года владыка предстательствовал при погребении архиепископа Анастасия (Добрадина). 2 марта 1920 года при участии епископа Верейского Модеста (Никитина) отпевал убитого архиепископа Тихона (Никанорова).
После того как Воронежский архиепископ Тихон (Василевский) ушел в обновленчество в 1922 году, приверженцы канонической Церкви сплотились вокруг владыки Владимира и Алексеево-Акатова монастыря. Однако церковная дисциплина мешала епископу Владимиру прямо заявить о своем неповиновении епархиальному архиерею и проводимой им ложной политике. Лишь в августе 1923 года собрание группы духовенства и верующих в Никольском храмепостановило просить патриарха Тихона принять епархию в каноническое общение и утвердить во главе её епископа Владимира. Патриарх принял это предложение и 8 августа 1923 года епископ Владимир был назначен управляющим Воронежской епархией с возведением в сан архиепископа «за долговременную службу архиереем».
В то время православному архиерею в Воронеже подчинялись пять храмов: в Акатовом и Покровском монастырях, церкви Воскресенская, Петропавловская и Троицкая на Терновой поляне.
Во все время своего служения в Воронеже поддерживал тесные отношения с патриархом Тихоном, ставя его в известность обо всем происходящем в епархии. Обновленчество архиепископ встретил непримиримо, понимая, что никакого равноправного соединения с обновленцами быть не должно. Так, он писал святителю Тихону: «С самоотвержением буду исполнять поручение Ваше относительно попечения о верных чадах святой Православной Церкви в Воронежской епархии, насколько достанет у меня умения и сил. До настоящего времени я не имел молитвенного общения с женатыми епископами и второбрачными клириками, не принимал участия в хиротониях их, несмотря на настояния и просьбы, не участвовал и в собираемых местными обновленцами съездах и пастырских собраниях, проводимых под обычным неустранимым давлением местного епархиального управления. Как на прошлогодний июльский съезд обновленцев, так и на майский настоящего года смотрю как на скопище злоумышляющих на чистоту православия Русской Церкви; постановления этих съездов признаю не имеющими силы и совсем необязательными, а программы и доклады всех обновленческих групп, преобладавших на этих съездах, считаю явно еретическими, судя по содержанию их.
Пастыри Воронежской епархии, терроризированные репрессиями и угрозами, пока молча терпят засилие обновленцев и вместе со всею почти паствою ожидают распоряжений Вашего Святейшества, чтобы объединиться под Вашим отеческим управлением и руководством».
В апреле 1924 года он вновь писал патриарху: «По наветам обновленцев на меня был наложен домашний арест, томился в заключении епископ Елецкий Николай, арестован и Бутурлиновский епископ Митрофан 22 марта, накануне обновленческого узкопартийного съезда. Вечером 9 апреля я освобожден из-под домашнего ареста, но с ограничением "временно не говорить проповедей". Я энергично, хотя и безрезультатно, протестовал против такого ограничения, между прочим указывал, что не могу я молчать, когда обновленцы извращают истины православия и поносят имя вашего святейшества».
В августе 1925 года был возведен в сан митрополита патриаршим местоблюстителем митрополитом Крутицким священномучеником Петром, как стойкий защитник Православия и борец против обновленческого раскола.
Активная проповедническая деятельность митрополита Владимира при помощи молодого епископа Бутурлиновского Митрофана (Поликарпова), а также отъезд из Воронежа главы обновленцев, привели к возвращению верующих из раскола. Но годы давали о себе знать, и старец митрополит медленно, но заметно угасал и чувствовал это. После ареста владыки Митрофана в 1924 году в Воронеж стал часто приезжать архиепископ Петр (Зверев) для помощи владыке Владимиру. В день своего Ангела 28 июля 1925 года митрополит сказал окружающим, что празднует его в последний раз. 3 января 1926 года митрополит Владимир последний раз был в храме.
Скончался 6 января 1926 года в 8 часов вечера.
Его кончина и погребение описаны в послании очевидца, бывшего коротоякского чиновника А. А. Поспелова к известному русскому генеалогу Л. М. Савелову от 18 января 1926 года: «Митрополит Воронежский, в возрасте 85 лет, живя все время в бывшем Алексеевском монастыре и отправляя богослужения, болел немного и скончался 6-го сего января (в Рождественский сочельник по старому стилю) в 8 часов вечера, а 12-го назначены похороны его здесь же, под церковью, так как особая депутация выхлопотала отмену запрещения хоронить (разрешалось лишь на общем Чугуновском кладбище). Почитание старца весьма велико, судя по тому паломничеству, которое было все эти дни и ночи, это что-то невероятное; бедность митрополита выявилась сбором тарелочным "на похороны"; рытье могилы происходило при участии богомольцев, выносивших землю из церкви в ограду; множество плачущих не только женщин, но и мужчин; духовенства собралось множество, почесть вообще достояная и при современных условиях жизни — поразительная. Хоронить приехал митрополит Курский и Обоянский Назарий и Петр, епископ Старицкий. 12 января (нового стиля) состоялись похороны при громадном стечении молящихся; одних священников было более 30; вообще — очень трогательно прощалась паства со своим владыкою. Видимо, всколыхнулись воронежцы, а вот местная пресса не проронила ни одного звука по поводу такого очевидно крупного события в жизни населения, "темного и, конечно, невежественного" с точки зрения безбожника».
Похоронили митрополита Владимира в склепе под полом нижней Алексеевско-Владимирской церкви Воронежского Алексеево-Акатова монастыря, за правым клиросом. Пока обитель действовала, все панихиды служились над могилой митрополита. Летом 1931 года монастырь закрыли, в том же году церковь была разорена, останки митрополита переданы в Воронежский антирелигиозный музей, во время Второй мировой войны вместе с музейными экспонатами были эвакуированы в Казахстан, возвращены в воронежский краеведческий музей в 1943 году. По окончании советского периода останки были переданы Знаменской архиерейской домовой церкви в Воронеже.